Между тем в 538 г. до н. э. Вавилония была завоевана персами. Персидский царь Кир Великий разрешает иудеям вернуться на родину, чтобы иметь в качестве данника отстроенный Иерусалим. В VI и V вв. до н. э. последовало несколько волн репатриации. Первую из них возглавил в 538 г. до н. э. потомок Давида — Зеруббавель (Зоровавель). Новый исход в 458 г. до н. э. возглавил священник и писец (переписчик и знаток священных текстов) Эзра (Ездра). Именно в Книге Эзры описаны две волны репатриации — две алии (иврит. алия — «восхождение», ибо в высокогорный Иерусалим можно только взойти). Предположительно в том же 458 г. до н. э. в Иерусалим прибыл в качестве наместника Иудеи Нехемья (Неемия), заслуживший в народе прозвание «второго Моисея». Именно он руководил восстановлением города и Храма, что нашло отражение в книге, названной его именем и написанной от его лица. Начинается эпоха Второго Храма.
Благодаря усилиям Эзры-писца окончательно редактируются тексты Пятикнижия, запрещаются всякие изменения и добавления. Тора объявляется дарованной Богом, священной и неприкосновенной. Именно Эзра проводит первое публичное чтение и толкование Торы (ок. 444 г. до н. э.), а затем вводит обычай ее круглогодичного чтения перед народом с пояснениями и толкованиями. Для этого текст Торы был разделен на недельные главы — в соответствии с неделями лунного календаря, и каждую неделю начала читаться и толковаться определенная, строго предписанная глава (недельная глава не соответствует более позднему делению на главы, существующему во всех современных изданиях). Именно так и сейчас религиозные евреи в каждую неделю во время субботней службы читают и комментируют Тору. Так обретало все большую мощь и силу Слово, которое спасало еврейский народ в многочисленных испытаниях. Так шло становление канона Танаха и возникала культура комментирования, толкования Священного Писания, столь важная для иудейской традиции. В послепленную эпоху наряду с храмовым богослужением возникает иная форма религиозной жизни: в городах Иудеи люди собираются для совместной молитвы и для решения дел общины в молитвенных домах (синагогах).
В IV в. до н. э. Иудея была завоевана Александром Македонским, как и все Присредиземноморье и Ближний Восток. После смерти великого полководца и завоевателя его империя распалась на несколько частей, и Иудея вместе с эллинизированным Египтом оказалась во владении династии Птолемеев. При Птолемее II Филадельфе (285–246 гг. до н. э.) в Александрии был осуществлен перевод Торы (ок. 250 г. до н. э.), а затем и всего Танаха (перевод осуществлялся на протяжении III–II вв. до н. э.) на первый иностранный язык — греческий. Так родилась Септуагинта (
