Возможность сбросить бомбу в какой-либо пустынной, ненаселенной местности также была рассмотрена комиссией, но была отвергнута. Как писал Оппенгеймер от имени ученых - "мы не можем предложить никакого демонстрационного использования бомбы, которое приблизило бы конец войны. Мы не видим приемлемой альтернативы прямому военному использованию".
6 июня Стимсон встретился с президентом Трумэном, чтобы доложить ему о результатах работы комиссии. Стимсон сказал Трумэну: "Я согласен с выводами комиссии, хотя и пришел к ним независимо от нее. Полагаю, что для того, чтобы добиться подлинной капитуляции от императора и его военных советников, нужен огромный шок, который бы убедительно доказал, что в нашей власти уничтожить империю". Он также сказал президенту что озабочен тем обстоятельством, что на фоне массовых бомбардировок обычными бомбами, атомная бомба может не возыметь желаемого психологического эффекта. Выслушав министра, Гарри Соломон Трумэн написал потом в своих мемуарах: «Окончательное решение, когда и как использовать атомную бомбу, лежало на мне <...> Я рассматривал бомбу как оружие и никогда не сомневался, что ее следует применить...»
Итак, решение о применении атомной бомбы против Японии состоялось. Оно было окончательным, и оставалось только обеспечить его техническое исполнение. На этом этапе операции выбор целей для атомных ударов выходил на первый план. Гровс и здесь решил обойтись без привлечения военных специалистов, занимавшихся планированием военных операций в генеральном штабе. Он предложил первоначально четыре объекта для атомной бомбардировки: города Кокура, Хиросима, Ниигата и даже Киото - центр древней культуры, бывшую столицу Японии. Когда возникли возражения против Киото, военные привели в обоснование своего предложения два аргумента: во-первых, население этого города составляет более миллиона человек, что обещает «хороший эффект» от взрыва; во-вторых, он занимает большую площадь, в которую как раз умещается предполагаемый диаметр зоны разрушения. Но на этот раз даже политики увидели, что генералы в своем рвении перегнули палку. Объекты для атомных ударов были уточнены, и вместо Киото был выбран Нагасаки.
Показателен и такой факт: когда цели были утверждены, выяснилось, что рядом с ними находятся лагеря, в которых содержат военнопленных американцев и их союзников. Но и это не помешало сбросу атомных бомб на выбранные города.
Перед тем, как начать первую в истории человечества атомную бомбардировку, было проведено богослужение. Этим ритуалом, наверное, Америка хотела призвать Господа Бога в помощь, для гарантированно «благополучного» завершения самой жесточайшей демонстрации военной мощи во всей истории войн.
