Внешне это решение было обставлено весьма благопристойно. В нем были слова о крайней военной необходимости подобного шага, уверенность в том, что это сохранит тысячи жизней американских солдат, и даже упоминание об указующем божьем персте. Кроме того, применение атомного оружия против Японии президенту США рекомендовали самые авторитетные ученые и политики, входящие в специальную комиссию. Эта комиссия была сформирована 25 апреля 1945 года по инициативе военного министра Стимсона, который попросил у Трумэна разрешения сформировать этот орган для изучения всех возможных аспектов применения атомного оружия. Трумэн одобрил эту идею. Кроме Генри Стимсона, который возглавил новую комиссию, в нее вошли еще восемь человек, среди которых не было ни одного военного. В комиссию были включены видные ученые Энрико Ферми, Артур Комптон (оба - из Чикагского университета), Эрнст Лоуренс (из Беркли), Роберт Оппенгеймер (руководитель лаборатории в Лос-Аламосе) и политики - например, Дж. Конант, президент Г арвардского университета, и госсекретарь Дж. Бирнс, в качестве личного представителя Президента. Первое заседание комиссии состоялось 9 мая 1945 года. Стимсон открыл его словами: "Господа, на нас лежит ответственность выработать рекомендации, которые могут изменить ход истории". Следующие заседания состоялись 14 и 18 мая. 31 мая комиссия собралась на свое решающее двухдневное заседание, в ходе которого обсудила главные политические вопросы, включая вопрос об отношениях с Советским Союзом в контексте атомного проекта. Приглашенный на заседание комиссии генерал Маршалл высказался за то, чтобы пригласить советских ученых на первое испытание атомного оружия. Госсекретарь Бирнс возражал, и все остальные члены комиссии его поддержали. После долгих обсуждений комиссия и приглашенные ученые пришли к трем выводам (причем единогласно):
1. Бомба должна быть использована против Японии как можно быстрее.
2. Она должна быть использована против военных заводов, окруженных домами работников "или иными зданиями, подверженными разрушениям" с тем, чтобы "произвести максимальный психологический эффект".
3. Бомбу следует использовать без предупреждения.
Бирнс высказал мнение, что предупреждать японцев об использования нового оружия и предполагаемом месте его применения не следует, так как они могут доставить в это место американских военнопленных, чтобы использовать их в качестве живых щитов.
