Вершиной профессиональной карьеры Толстого стала его разведывательная деятельность во время Севастопольской кампании Крымской войны. Еще в конце 1840-х годов ему удалось завербовать некоего Паскаля, секретаря известного военного теоретика генерала Жомини, долгое время состоявшего на русской службе. С приходом к власти Наполеона III ярый бонапартист Паскаль стал его военным секретарём… и наиболее осведомлённым агентом России в окружении императора Франции. В Севастопольскую кампанию через Паскаля шла вся военная информация, за которую Толстой платил часто и щедро. После подписания в 1856 году мирного договора Толстой вернулся в Париж на прежнюю должность. Ему было уже шестьдесят пять лет, и от разведывательной деятельности он всё больше отходил в сторону литературно-исторических трудов. В 1860 году он написал биографию многолетнего посла России во Франции графа П. Киселёва, в 1861 году опубликовал очерки истории Польши, занимался переводами на французский русских поэтов, прежде всего Пушкина. С 1847 года он собирал старинные рукописи и посылал их в Россию в распоряжение Министерства просвещения, за что в прибавление к многочисленным орденам получил личную награду монарха – бриллиантовый перстень.
В июне 1866 года Яков Николаевич попросил об отставке, будучи в генеральском чине тайного советника – по табели о рангах он был статским генералом, – и получил пенсию в две тысячи рублей в год. Толстой скончался в Париже в возрасте семидесяти пяти лет, в полном одиночестве, не оставив прямых наследников. Он был скромно похоронен на Монмартрском кладбище, вблизи могил Берлиоза и Гейне. Его могила сохранилась до сих пор.
Наш великий писатель Иван Сергеевич Тургенев (1818–1883) – тот самый член-корреспондент императорской Академии наук по разряду русского языка и словесности, почётный доктор Оксфордского университета, почётный член Московского университета, чьи произведения изучает школьная программа и чьё высказывание: «Во дни сомнений, во дни тягостных раздумий о судьбах моей родины, – ты один мне поддержка и опора, о великий, могучий, правдивый и свободный русский язык! Не будь тебя – как не впасть в отчаяние при виде всего, что совершается дома? Но нельзя верить, чтобы такой язык не был дан великому народу!» – раньше висело на самых видных местах во множестве школ и кабинетов русского языка, негласно сотрудничал с особой канцелярией Министерства внутренних дел России.
