В 1682 г., на шестом году правления, Федор Алексеевич умер, и царями-соправителями были провозглашены младшие сыновья Алексея Михайловича: сын от первой жены, 15-летний Иван, и младший сын от второй жены, 10-летний Петр. Инспирировав мятеж стрельцов, реальную власть захватила 25-летняя Софья Алексеевна, объявленная регентшей при недееспособном Иване (имевшем серьезные физические и, возможно, умственные проблемы) и малолетнем Петре. В ходе стрелецкого мятежа были убиты влиятельные сторонники клана матери царевича Петра, а сама вдовствующая царица и младший соправитель Петр были отправлены из Кремля в подмосковную резиденцию. Следующие семь лет страной впервые правила женщина, чье изображение чеканилось на золотых монетах, а сама она участвовала во всех публичных церемониях, традиционно считавшихся (по крайней мере, до Федора Алексеевича и царицы Агафьи) сугубо «мужским» пространством. Получившая, как и все дети царя Алексея Михайловича от первого брака, хорошее образование, Софья Алексеевна (1657–1704) говорила по-польски, знала латынь, одевалась по «польской» моде (заведенной царицей Агафьей).
Правление Софьи отмечено продолжением прежнего курса на «камерализацию» России. Так, значительная часть изданных ею указов касается мелочной регламентации городского быта — и в этом царском вмешательстве в «мелочи» (совершенно в духе германских и голландских правителей) лучше всего проявился фундаментальный поворот политической культуры Московии. Вмешиваясь в частную сферу жизни подданных в высших интереса общего блага, царевна-регентша запрещала стрельбу из ружей в домах и выбрасывание мусора со дворов на улицу; регламентировалась скорость езды упряжек по городу и места разрешенной стоянки лошадей на территории Кремля. Одновременно принимались большие стратегические решения: открылась Славяно-греко-латинская академия (прообраз университета); после более двух столетий войн за территории ВКЛ был заключен «Вечный мир» с Речью Посполитой и Московское царство вступило в Священную лигу — союз Священной Римской империи, Речи Посполитой и Венецианской республики против Османской империи. Тем самым, Российское государство впервые вступило на общих основаниях в систему большой международной политики. Выполняя принятые перед союзниками обязательства, московские войска совершили два масштабных похода против вассала Османской империи — Крымского ханства. Войска не проникли за Перекоп на сам Крымский полуостров, однако впервые инициатива в противостоянии с Крымом перешла к Москве, которая продемонстрировала способность привести огромную армию (свыше 100 тыс. человек и сотни орудий) через степи, к внутренним территориям ханства. Вторжение на полуостров стало лишь вопросом времени.
