Гораздо существеннее была государственная деятельность молодого царя. В 1682 г. происходит революционная реформа государственной службы: отменяется «местничество» как принцип продвижения по службе на основании относительной знатности рода и признанных заслуг предков. Разрядные книги, в которых регистрировалась эта информация, решительно сожгли. Распространение местничества в конце XV века считается заимствованием из практики ВКЛ: в свое время в, результате включения в состав Великого княжества Литовского бывших рѹських земель, местная знать почувствовала угрозу со стороны Гедиминовичей и других литовских знатных родов. Чтобы защитить свои владения и привилегии от пришельцев, рѹськие князья и бояре настаивали на древности и заслугах своих кланов как основании для равноправия и даже собственного превосходства. Расширение Великого Московского княжества за счет ВКЛ воспроизвело эту ситуацию: теперь у Московии возникла необходимость консолидировать и упорядочивать разношерстную знать разных земель. Способствуя интеграции привилегированного сословия, местничество вызывало постоянные споры о старшинстве служилых людей и паралич властных органов, последствия которого были особенно заметны (и катастрофичны) во время сражений. Чиновники, руководствующиеся в своей службе соображениями старшинства и большей знатности рода, по сути, оставались вассалами сюзерена, исполнявшими обязанности из преданности государю, а не порученному им делу. Без ликвидации местничества невозможно было и помыслить — вслед за камералистами — идеальное государство как систему анонимных институтов, функционирующих вне зависимости от личности чиновника и даже правителя, в интересах «общественного блага».
В 1676−1678 гг. была проведена перепись населения, по итогам которой поземельное налоговое обложение сменилось подворным — более адекватно учитывающим наличные человеческие ресурсы, первый шаг на пути к личному налогообложению. Одновременно продолжали расти косвенные налоги, пропагандировавшиеся камералистами: в структуре доходов казны их доля превысила 53% (доля прямого подворного налога составила 44%). Была предпринята попытка рационализировать деятельность приказов, если не ликвидируя те, что частично дублировали функции друг друга, то, по крайней мере, подчиняя их одному руководителю (в качестве «департаментов» одного «министерства»). Федор Алексеевич готовил открытие высшего учебного заведения (Академии), для которой был заготовлен устав («привилегия») и приглашены преподаватели (из Константинополя, но получившие образование в Италии). Однако, поскольку в стране отсутствовали и средние, и начальные учебные заведения (за исключением монастырских школ), то сначала в 1681 г. была открыта Типографская школа при Печатном дворе. Несколько десятков учеников (всех званий) получали в ней начальное образование, а по мере освоения курса переходили на ступень среднего.
