Немцы, проникнув в крипту, разрушили все старые могилы. Кости погребенных католических священников из гробов в стенах были выброшены на пол, разрушен и осквернен алтарь.
Во время боя был арестован отец Владимир Петршек. Его привезли в собор и потребовали, чтобы он обратился к диверсантам с требованием прекратить сопротивление. После окончания боя отца Владимира поставили в храме у иконы Спасителя и начали пальбу по контуру его фигуры. Образ со следами пуль и сегодня хранится в соборе.
Вскоре были арестованы настоятель собора, староста, сторож и члены их семей, чуть позже и владыка Горазд. Еще до своего ареста, узнав о происшедшем, владыка написал письма главе правительства протектората, министру образования и министру внутренних дел, в которых брал всю вину на себя и просил сохранить православную церковь в Чешских землях. Но все было напрасно. Арестованных расстреляли, а храм после разорения превратили в склад. Деятельность Чешской православной церкви была запрещена. Православное духовенство подлежало высылке на принудительные работы в Германию, церковное имущество было конфисковано в пользу Третьего рейха.
После окончания войны, в 1945 году, деятельность православной церкви в Чешских землях возобновилась. Началось и восстановление опустошенного Пражского кафедрального собора.
Двадцать восьмого октября 1947 года была открыта мемориальная мраморная доска работы скульптора Франтишка Вельского, помещенная на внешней южной стене храма. На ней изображен епископ Горазд и символическая фигура чешского парашютиста. Перед этим памятником ежегодно 18 июня проходит памятный митинг, посвященный жертвам «гейдрихианы», торжественное возложение венков и панихида по погибшим.
Двадцатого октября 1945 года епископ Горазд был посмертно награжден Чехословацким военным крестом In memoriam. В 1987 году Чехословацкая православная церковь причислила епископа-мученика к лику святых, а 28 сентября 1995 года в день шестидесятой годовщины освящения кафедрального собора в крипте храма был торжественно открыт музей, посвященный событиям «гейдрихианы». В 1996 году при кафедральном соборе был открыт образовательный центр «Ортодоксия», цель которого — преподавание основ православной веры, церковного искусства, православной духовности и подготовка кандидатов для поступления в высшие богословские учебные заведения.
