Таким образом с середины марта 1918, Дзержинский с согласия Ленина и под общим руководством В. Д. Бонч-Бруевича, который в 1917–1920 годах, помимо руководства аппаратом Совета Народных Комиссаров и службой личной безопасности Ленина выступал так же и в качестве неофициального куратора, всех остальных тогдашних советских спецслужб, приступил к подготовке операции по разоружению и массовым арестам московских анархистов.
Продолжая испытывать революционные предрассудки по поводу агентурного проникновения в ряды анархистов, а так же не имея необходимого для этого запаса времени, Дзержинский пошёл уже проторенным путём обращения к трудящимся сообщать в ВЧК необходимую для неё информацию, но поскольку прямо призвать к доносам на анархистов в той ситуации он не мог, то 3 апреля 1918, в Москве, было опубликовано за подписью Дзержинского, обращение к трудовому населению новой столицы, в котором указывалось, что первейшей задачей ВЧК "будет борьба за полную безопасность и неприкосновенность личности и имущества граждан от произвола и насилия самовольных захватчиков и бандитов, разбойников и хулиганов и обыкновенного жулья" и далее призвал трудящихся Москвы к активному содействию мероприятиям проводимым ВЧК. (Ленинский сборник — т. 34 — с. 65).
Спустя месяц после прибытия центрального аппарата ВЧК в Москву, 11 апреля 1918, под руководством Дзержинского состоялось заседание Коллегии ВЧК, на которое были приглашены представители народного комиссариата по военным и морским делам, городских и районных партийных организаций Москвы. На этом заседании было принято решение ликвидировать анархистские организации в Москве и ряде других городов и разоружить анархисткие отряды. К участию в разоружении анархистов привлекались отряды ВЧК, находящиеся в Москве и её окрестностях части Красной Армии и латышские стрелки из охраны Кремля. (П. Д. Мальков "Записки коменданта Московского Кремля" — М.: "Молодая гвардия", 1967. — часть 3 — раздел "Разгром анархистов").
Столь широкое по составу совещание в других условиях неизбежно привело бы к утечке информации к тем против кого оно было направлено и только практически полное отсутствие у анархистких группировок Москвы своих служб безопасности, не сделало эту угрозу реальностью.
Комендант Московского Кремля П.Д. Мальков, следующим образом описывал подготовку операции по разоружению анархистов в Москве: "За несколько дней до совещания, числа 8–9 апреля 1918, вызвал меня Феликс Эдмундович. С анархистами, говорит, решено кончать. Надо составить план ликвидации анархистских гнезд. Займись, тебе не впервой, кое — какой опыт накопил в Питере. В ЧК мне вручили адреса особняков, занятых анархистами, их оказалось двадцать шесть. И все больше в центре города, поближе к Кремлю: на Поварской, Большой и Малой Дмитровке, на Мясницкой.
