После прихода большевиков к власти участвовал в организации оперативно-розыскной деятельности, а так же создании шифровальной и дешифровальной (криптографической) службы в составе Всероссийской Чрезвычайной Комиссии.
В 1920 году, Комиссаров был отправлен руководством ВЧК для ведения разведки в Германию, где выдавал себя за представителя генерала Врангеля. Он обманул нескольких баварских монархистов, сообщив им, что Врангель хочет создать единый фронт с Германией. Поехав с баварцами якобы в Крым, к Врангелю и получив от них под фальшивым предлогом 100 000 марок, Комиссаров отстал от них в Будапеште. Баварских же монархистов, которые всё — таки добрались до Крыма, Врангель принять отказался, так как он никогда не давал Комиссарову никаких поручений.
В 1921–1922 годах Комиссаров работал по заданию ВЧК в Болгарии, где благодаря его влиянию болгарское правительство провело целый ряд арестов белоэмигрантов из бывшей армии генерала Врангеля.
Продолжая в 20-е годы находится в Европе, Комиссаров, по заданию ОГПУ занимается организации широкой кампании по дезинформации и дискредитации белоэмигрантского движения, став одним из главных теоретиков постановки такой работы. Только после раскрытия белыми эмигрантами его действительной роли, Комиссарову и его помощнику Чайкину пришлось уехать из Европы в Америку с тем же заданием. Находясь в США, Комиссаров публикует в 1930 году воспоминания. Погиб в Чикаго 20 октября 1933 года, попав под трамвай. Возможно, что это было убийство.
При рассмотрении особенностей кадровой политики как при создании ВЧК, так в годы её последующей деятельности, возникает вопрос почёму всё же при формировании, как центрального аппарата ВЧК, так и местных ЧК хотя бы на губернском уровне, практически не использовались кадры дореволюционных органов партийной безопасности в лице членов существовавших в период 1908–1914 годов, как в ЦК РСДРП (б), так и её губернских комитетов "Комиссий по борьбе с провокацией"? Ведь большая часть партийцев работавших в этих комиссиях дожила до прихода своей партии к власти.
Результатом, отсутствия чёткой кадровой политики при создании ВЧК стало то обстоятельство, что кроме морально разложившихся и порой с уголовным прошлым, а так же часто просто психически ненормальных людей (особенно это касалось городских и уездных ЧК), среди сотрудников органов ВЧК вплоть до её центрального аппарата было немало враждебных к Советской власти и РКП (б) людей, а так же большое количество агентов иностранных и белогвардейских разведок.
