Работа по расшифровке дипломатической переписки иностранных посольств была организована исключительно конспиративно (малейшая неудача могла вызвать европейский скандал) и была чрезвычайно сложной. Впоследствии, отвечая на вопросы Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства, Комиссаров так охарактеризовал результаты этой деятельности: "Все документы, получаемые от агентов, доставлялись ко мне на конспиративную квартиру, где я жил под видом иностранца. Там их фотографировали и наутро уносили в Департамент полиции МВД. По линии МВД императору ежедневно посылались один-два доклада на основании контролируемой посольской переписки".
Так, известно, что во время заключения Портсмутского мира с Японией, отделение Комиссарова узнавало американские условия раньше, чем посол США в Санкт-Петербурге.
За работу в секретном бюро Комиссарову присвоили звание подполковника Отдельного Корпуса жандармов, и в этом звании уже в апреле 1908, он принял участие в I съезде начальников районных охранных отделений, находясь на тот момент в должности помощника начальника Петербургского охранного (Северного районного охранного) отделения.
В 1909–1915 годах Комиссаров занимал посты начальника Енисейского, Пермского, Саратовского, Вятского губернских жандармских управлений. В октябре 1915, был назначен начальником Варшавского губернского жандармского управления, которое вскоре было эвакуировано из Варшавы и расформировано после отступления русских войск из Польши.
Вернувшись в конце 1915 года, в Петроград, Комиссаров становится помощником начальника Петроградского охранного отделения и назначается заведовать охраной Григория Распутина. В результате интриг вокруг Распутина (а именно, после фактического отказа Комиссарова, выполнить поручение министра внутренних дел А. Н. Хвостова организовать убийство Распутина и последовавшего за этим скандала), в марте 1916, Комиссаров был отстранён от охраны Распутина и получил назначение градоначальником города Ростов — на — Дону. В августе 1916, был уволен в отставку в чине генерал-майора артиллерии.
После Февральской революции был арестован, находился в заключении сначала в Петропавловской крепости, а затем на гауптвахте, устроенной в бывшем помещении штаба Отдельного корпуса жандармов на Фурштадтской улице, № 40. Допрашивался Чрезвычайной следственной комиссией. Находясь в заключении Комиссаров свёл знакомство в большевиками, оказавшимися в тюрьме после их июльского выступления. Когда большевики были освобождены, они попросили министра юстиции Временного правительства социалиста Малянтовича освободить и Комиссарова. По другим данным Комисаров вступил в контакт с большевиками ещё после Первой Русской революции.
