В связи с этим, первоначально из числа левых эсеров в Коллегию ВЧК вошли только левые эсеры Александрович и Закс, но уже к июлю 1918, из 20 членов Коллегии ВЧК 7 представляли партию левых эсеров. Это положение было абсурдно прежде всего тем, что в марте 1918 года левые эсеры в знак протеста против заключения большевистским руководством РСФСР Бресткого мирного договора с Германией, покинули свои посты в тогдашнем правительстве — Совете Народных Комиссаров, но при этом из ВЧК не ушли, что привело в дальнейшем к попытке государственного со стороны левых эсеров с использованием части сил ВЧК, с целью отстранения большевиков от власти.
Несколько месяцев с момента своего создания, а именно с 20 декабря 1917 и до 12 март 1917 года, ВЧК не смотря на свой формально всероссийский характер деятельности, реально вела свою оперативно-розыскную работу только в Петрограде и Москве.
Расширение борьбы с контрреволюцией потребовало учреждения Чрезвычайных комиссий и на местах. В связи с этим спустя две с половиной недели после своего создания 15 (28) декабря 1917, ВЧК опубликовала обращение "Ко всем Советам на местах", призывавшее местные Советы немедленно приступить к организации чрезвычайных комиссий.
Однако организация местных ЧК проходила очень медленно, поскольку функции местных ЧК брали на себя местные Советы, создавая в своём составе различные отделы, комитеты и комиссии, придавая им в помощь отряды красногвардейцев. Однако эти органы не имели ни единой системы, ни централизованного руководства. Это в значительной мере осложняло деятельность Всероссийской Чрезвычайной комиссии.
В результате ВЧК начало самостоятельно создавать свои территориальные органы на местах, только после переноса столицы из Петрограда в Москву, то есть где-то с середины марта 1918 года. Причём опять пришлось бороться с местными Советами, поскольку они начали создавать местные ЧК, порой даже на уровне волостей. ("Особое задание"… — с.28).
Для справки: Волость в царской России и до середины двадцатых годов в СССР, являлась низшей административной единицей в составе уезда и состояла из нескольких сёл и деревень с общей численность населения в несколько тысяч человек. Наибольшее расстояние отдалённых селений волости от волостного центра управления в среднем не должно было превышать 12 вёрст).
В результате напряжённой деятельности руководства ВЧК, к осени 1918 года, на контролируемых большевиками территориях кроме сети местных ЧК (40 губернских и 365 уездных ЧК), была так же создана разветвлённая структура транспортных, пограничных, фронтовых и армейские ЧК. Позже фронтовые и армейские ЧК, были преобразованы в Особые отделы фронтов, армий и дивизий и подчинены Особому Отделу ВЧК. Так же Особому отделу ВЧК стали подчиняться и пограничные ЧК.
