Советское правительство отвергло требование Штейнберга об установлении контроля Наркомюста над ВЧК и следственной комиссией. В принятом Совнаркомом постановлении, которое было отредактировано В. И. Лениным, говорилось:
1. Всероссийская Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией находится непосредственно при Совете Народных Комиссаров;
2. ВЧК учреждается для целей беспощадной борьбы с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией;
3. Результаты своей работы ВЧК передает в следственную комиссию при Революционном Трибунале или прекращает дела сама;
4. Об арестах, имеющих выдающееся политическое значение, комиссия извещает народные комиссариаты юстиции и внутренних дел;
5. В случае конфликта между ВЧК и Наркомюстом. вопрос разрешается Советом Народных Комиссаров.
К пятому пункту этого постановления И. В. Сталин внес дополнение о том, что вынесение конфликта на решение Совнаркома не должно останавливать обычной деятельности ВЧК. Это дополнение имело существенное значение, так как отвергало право "вето" на мероприятия ВЧК со стороны левых эсеров.
Несмотря на утверждение Советом Народных Комиссаров основных положений о работе ВЧК, левые эсеры не оставляли своих попыток вмешиваться в ее деятельность. 28 декабря 1917 (10 декабря 1918 — по новому стилю) Штейнберг потребовал, чтобы все материалы, имеющиеся в ВЧК, пересылались в возглавляемый им народный комиссариат юстиции. Однако, это требование было решительно отвергнуто Ф. Э. Дзержинским.
ЦК левых эсеров и нарком юстиции Штейнберг сделали попытку послать для работы в ВЧК членов своей партии, но Ф. Э. Дзержинский отказался их принять. Тогда 7 января 1918 г. левые эсеры поставили этот вопрос на заседании Совета Народных Комиссаров, настаивая на предоставлении партии левых эсеров права непосредственно вводить в ВЧК своих представителей. Дзержинский выступил категорически против предложений Штейнберга, которые вели по существу к бесконтрольному включению в состав Всероссийской Чрезвычайной комиссии лиц, назначенных только ЦК левых эсеров.
По данному вопросу Дзержинский полагал, что состав ВЧК должен обязательно и непосредственно утверждаться Советом Народных Комиссаров. После длительного обсуждения Совнарком принял следующее решение: "Признать желательным преобразование Комиссии в том смысле, чтобы назначить товарищем председателя Чрезвычайной Комиссии и членов от фракции левых с-р Центрального Исполнительного Комитета. Утверждать кандидатов в члены Чрезвычайной комиссии Советом Народных Комиссаров".
