Разоблачение Малиновского стало следствием аппаратных перестановок внутри Министерства внутренних дел. Эти серьёзные аппаратные перестановки в руководстве тогдашней российской политической полиции, были связаны с целым рядом скандальных разоблачения деятельности политической полиции в 1906–1911 годах, вершинами которых стало разоблачение двойной игры Азефа в партии эсеров и причастность ряда высокопоставленных руководителей политической полиции (генерал-лейтенанта Курлова, полковников Спиридовича и Кулябко), к убийству в сентябре 1911, в Киеве анархистом Багровым премьер-министра и министра внутренних дел П. А. Столыпина, вызвали появление в ряде влиятельных правительственных кругов мнения о необходимости укрепить руководство политической полиции лицами, не имевшими до этого к ней никакого отношения.
С этой целью, в начале 1912 года товарищем (заместителем) министра внутренних дел и начальником корпуса жандармов был назначен армейский генерал-майор В. Джунковский, являвшийся до этого адъютантом московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича, а после его убийства в феврале 1905 года, входившего в свиту Николая II и занимавшего ряд командных должностей в армии.
Вступив на новую должность в МВД, Джунковский предпринял целый ряд либеральных реформ в деятельности политической полиции. Была запрещена деятельность политической полиции в армии. Также циркуляром от 1 мая 1913, запрещалась вербовка в качестве секретных сотрудников лиц, не достигших совершеннолетия (по тогдашним стандартам 21 года), был уволен со службы ряд высокопоставленных чиновников и офицеров политической полиции.
Продолжая работу по либерализации агентурной деятельности, Джунковский пришёл к выводу о необходимости удаления секретных сотрудников полиции из Государственной Думы. В конце апреля 1914, председатель IV Государственной Думы Родзянко передал Малиновскому приказ Джунковского о немедленном сложении им депутатских полномочий и выезде за пределы России.
Получив 10 тысяч рублей, Малиновский 8 мая 1914, неожиданно для остальных депутатов Думы и членов ЦК РСДРП (б) уехал за границу.
Немотивированный отъезд Малиновского, скорее, похожий на бегство, вызвал политический скандал. Со стороны других политических партий в Думе, особенно эсеров, всё ещё не оправившихся от дела Азефа, посыпались обвинения в адрес большевиков, проглядевших, мол, матёрого провокатора в своей среде.
Под влиянием этого скандала ЦК РСДРП (б) создал специальную следственную комиссию под председательством Я. С. Ганецкого, члены В. И. Ленин и Г. Е. Зиновьев, приступившую к расследованию.
