Как мы уже сообщали, вплоть до самой русско-турецкой кампании, почти ежегодно бывали восстания. В особенности они усилились перед самым началом военных действий. И в марте 1854 года под предводительством энергичного Магомет-Эмина – борца за свободу западногорских племён – в Абхазию ворвалось до 30.000 горцев. К ним примкнуло несколько тысяч абхазцев. Восставшие уже занимали Бзыбский район, но потом были выбиты из Абхазии русскими войсками. В это время была, из-за опасения разгрома турками укреплений, уничтожена знаменитая Черноморская береговая линия, а вместе с ней и все укрепления в Абхазии.
Летом 1855 года в Сухуме высадился турецкий десант в 40 тысяч человек под командой генералиссимуса Омер-паши, который вскоре занял всю Абхазию до Ингура включительно. Владетель Михаил, а вместе с ним и высшие классы Абхазии не знали, как себя вести: опасаясь потерять власть и поместья, они колебались – на чью сторону встать. Симпатии же большинства населения были на стороне турок и турецкой империи.
Когда на следующий год турецкие войска оставили Абхазию, Михаил и дворянство стали оправдываться перед русскими властями, население же ответило целым рядом восстаний. Вследствие этого русским командованием был предпринят ряд карательных экспедиций и вновь был построен ряд укреплений.
Возмутительные действия русских властей повели к тому, что, начиная с 1858 года, абхазцы стали выселяться в Турцию. Выселялись отдельные лица, но чаще – целыми родами и селениями.
Это эмиграционное настроение продолжалось не менее 6-ти лет и закончилось около 1864 года. За это время – время «второй эмиграции (махаджирства) – из Абхазии выселилось, по официальной статистике, около 20-ти тысяч человек. Но эти официальные цифры сильно приуменьшены, кроме того, многие выезжали тайком, так что число махаджиров в эти года, по свидетельству знатоков вопроса, колеблется от 40 до 50 тысяч. Масса махаджиров гибла по дороге в Турцию, да и Турция встретила их скверно и некоторые вернулись обратно.
В 1864 году русское правительство совершенно уничтожило автономию Абхазии, ввело русское управление и преобразовало Абхазию, переименовав Самурзаканское приставство в Сухумский военный округ. Абхазский владетель Михаил был выслан в Россию, в Воронеж, где он умер через два года.
В 1866 году при проведении в Абхазии освобождения крестьян и разбора сословно-поземельных вопросов в сел. Лыхны сход напал на прибывших русских чиновников и сопровождавший их конвой из 60-ти казаков, причём все прибывшие были убиты. Это привело к новому восстанию, охватившему всю страну. Восставшие пытались взять Сухумское и Цебельдинское укрепления, первое из которых поддерживалось судами Черноморской эскадры, стоявшей на Сухумском рейде.
