При описании отдельных классов подробно рассматривался характер приспособленности животных к специфическим условиям обитания. Для каждого класса описывались ископаемые формы и освещались родственные связи животных разных классов и групп. Таким образом, слушатель получал целостное представление о позвоночных как о едином разделе животного мира, скрепленном тесным родством, общностью происхождения — и в то же время бесконечно многообразном в своих эволюционных разветвлениях.
Лекции Богданова для Высших женских курсов несомненно следует считать одним из интереснейших зоологических курсов своего времени. Если учесть к тому же, что они были предназначены для женской аудитории, впервые собранной в стенах высшего учебного заведения и слабо подготовленной для понимания последних достижений эволюционной теории, то следует отдать справедливость тому большому педагогическому мастерству, с каким Богданов достигал поставленной цели. В этом отношении весьма большую роль играло методическое построение лекций. В начале курса давались четкие теоретические установки, а все изложение предмета строилось как их прямое доказательство. Это придавало лекциям компактность и логическую стройность и облегчало восприятие.
Преподавание на женских курсах было для Модеста Николаевича, как и для многих передовых ученых того времени, не столько педагогическим процессом, сколько общественным долгом. Поэтому он так охотно взял на себя эту обязанность, с такой тщательностью и интересом разработал курс лекций, стараясь внести в него все наиболее ценное и новое и довести его до понимания каждой слушательницы.
Однако в 1881 г., после смерти К. Ф. Кесслера, обязанности Богданова, связанные с университетом, намного возросли. После перехода к нему заведования Зоологическим кабинетом и чтения основных зоологических дисциплин он вынужден был расстаться с Высшими женскими курсами.
В университете Богданов читал первокурсникам общую зоологию, а студентам второго и третьего курсов зоологию позвоночных. Лекции его по-прежнему пользовались большой любовью слушателей. Курс зоологии позвоночных вышел литографированным изданием в 1885 г. По плану эти лекции мало чем отличались от лекций на женских курсах. Следует лишь указать, что здесь ланцетник выделен в особый подкласс бесчерепных (Acrania), тогда как в лекциях 1880 г. он помещен в класс рыб, хотя и с оговорками. Это является несомненно результатом изменившегося понимания родственных отношений между низшими хордовыми и позвоночными. Однако такое понятие, как тип хордовых, Богданов еще не вводил.
