В течение зимы 1870—1871 г., пока Богданов завершал работу над магистерской диссертацией, вопрос о замещении профессорской вакансии по зоологии не был решен. Он продолжал оставаться предметом ожесточенных дебатов в совете университета между представителями медицинского и физико-математического факультетов. Профессора-медики настойчиво предлагали кандидатуру Н. М. Мельникова, физико-математический факультет вновь подтвердил свое решение сохранить вакантную должность за Богдановым.
Весной 1871 г. Н. П. Вагнер находился в заграничной командировке. По окончании ее он должен был перейти по приглашению К. Ф. Кесслера в Петербургский университет вторым профессором на кафедру зоологии. В этот период М. Н. Богданов с тоской и тревогой писал А. М. Бутлерову: «Новости здешние сообщать Вам нечего, так как вероятно они уже сообщены, но вместе с тем нельзя не пожалеть о будущем естественного разряда Казанского университета. С Вашей легкой руки начинается такая миграция профессоров, что, по меткому выражению одного моего знакомого, скоро останутся уже не сапоги, а только подошвы. Головкинский, Ковалевский и Вагнер! Кто еще останется после отъезда их? Судите сами. С отъездом этих лиц и мое положение принимает новый оборот».[>7 Арх. АН СССР, ф. 22, оп. 20, № 30, л. 4 об,]
Положение дел действительно обернулось очень неблагоприятно для Модеста Николаевича. В то время, когда он в Петербурге защищал диссертацию, совет университета баллотировал Мельникова на должность профессора зоологии. Это было сделано вопреки протестам физико- математического факультета, отстаивавшего свое первоначальное решение. В защиту кандидатуры Богданова выступил также П. Ф. Лесгафт, записавший по этому вопросу свое особое мнение. Но поддержка попечителя округа решила вопрос в пользу Мельникова.
С уходом Н. П. Вагнера из университета в августе 1871 г. освободилась еще одна вакансия профессора зоологии. Но по предложению Мельникова на эту должность был приглашен В. В. Зеленский, специалист в области эмбриологии беспозвоночных.
Таким образом, Модест Николаевич Богданов остался при Казанском университете в качестве приват-доцента, без всяких перспектив дальнейшего служебного продвижения. Факультет попытался выхлопотать Богданову командировку за границу для подготовки к профессорскому званию в качестве стипендиата Министерства просвещения. Но и эта попытка не удалась. В течение четырех месяцев М. Н. Богданов дожидался решения министерства. В середине февраля 1871 г. пришел отрицательный ответ: за отсутствием средств в командировке ему было отказано. Возникли и другие препятствия к дальнейшему развитию научной деятельности Богданова в Казани. С уходом из университета Н. А. Головкинского, президента общества естествоиспытателей, состав руководства общества изменился и деятельность его приняла иное направление. В связи с этим Богданов был лишен средств на продолжение исследований в левобережном Поволжье летом 1872 г. Все это создавало совершенно нетерпимую обстановку для работы Богданова в Казанском университете. Он принял решение уехать из Казани и перебраться в Петербург. В марте 1872 г. Модест Николаевич с тяжелым сердцем покинул Казань, чтобы более туда не возвращаться.
