Не говоря уже о том, что эта недавно лишь покоренная страна слишком мало известна в этом отношении, — для моих исследований знание ее фауны имеет то огромное значение, что Кавказ как самый высокогорный хребет Европы должен представлять поэтому остатки наиболее древней фауны, здесь же должны находиться центры расселения многих видов, которые распространились потом на окрестные равнины, между прочим на русскую» (I, 18, стр. 85—86).
На Кавказе Богданов стремился проверить свои выводы о зоогеографических закономерностях, сформулированные им в диссертации.
Фауна Кавказа оказалась столь богата, что при первом знакомстве с нею Богданов сумел только наметить первоначальные ориентиры в ее распределении. Тяжелая форма тропической малярии, поразившая Богданова во время поездки, заставила прервать работу. Казаки вывезли его чуть живого, в беспамятстве, с черноморского побережья в Грозный. Но едва Богданов немного оправился, как снова вернулся к исследованиям.
Ему удалось посетить северные склоны главного Кавказского хребта и долины крупнейших кавказских рек — Терека, Кубани, Сулака и Куры. Общие выводы о фауне Кавказа Богданов сформулировал в своем отчете обществу естествоиспытателей. Характеризуя вертикальное распределение животных в горах, он отметил присутствие типичной кавказской фауны только на значительных высотах (в поясе высокогорных хвойных лесов и еще выше). В нижележащих поясах фауна была смешанной, сходной как с алтайской, так и с европейской. Равнинные части речных долин оказались населены очень пестро и разнообразно.
Материалы, собранные Богдановым на Кавказе, были им обработаны и систематизированы значительно позже, уже в Петербурге.
При всех успехах Богданова в научной деятельности, доставивших ему известность в кругах русских зоологов, при весьма успешно начатой педагогической деятельности служебное положение его в Казанском университете оставалось неопределенным.
Место приват-доцента не давало твердого материального обеспечения, а Модест Николаевич был уже женат. После ухода А. О. Ковалевского из университета в конце 1869 г. освободилась должность второго профессора по кафедре зоологии. Совет физико-математического факультета постановил сохранить ее для замещения специалистом по зоологии позвоночных, имея в виду Богданова. На этом настаивал и Н. П. Вагнер, подчеркивавший необходимость разделения курса зоологии. Но медицинский факультет выставил своего кандидата на эту должность — ученика А. О. Ковалевского, гистолога Н. М. Мельникова.
