На съезде было принято важное решение о создании при университетах обществ естествоиспытателей, оказавшее непосредственное влияние на дальнейшее развитие русского естествознания. Инициатором этого решения был К. Ф. Кесслер. Он подчеркнул, что Россия крайне плохо изучена в отношении своих природных ресурсов, что для организации планомерных исследований в этом направлении недостаточно усилий энтузиастов-одиночек. Такая задача по плечу только целым коллективам исследователей, а для этого необходимо создание ученых обществ.
Было решено при всех русских университетах создать общества естествоиспытателей, в задачу которых входило развитие различных отраслей естествознания не только в университетских городах, но и в областях, эти города окружающих, проведение геологических, ботанических и зоологических исследований, помощь натуралистам-любителям и молодым ученым в собирании коллекций по зоологии, ботанике и геологии.
Подводя итоги работы съезда, председатель его К. Ф. Кесслер призвал всех русских ученых «работать всеми силами, соединенными силами, для широкого развития естественных наук в пользу и честь русского народа» (III, 20, стр. 15).
Решение съезда о создании обществ естествоиспытателей было претворено в жизнь в последующие два года (1868—1869 гг.). В это время такие общества возникли при всех русских университетах.
При Казанском университете общество естествоиспытателей возникло в мае 1869 г. Организаторами его были Н. П. Вагнер и Богданов. Вагнер стал председателем, Богданов— секретарем. С этого времени Модест Богданов делается одним из самых деятельных его членов.
Казанский университет в те годы был крайним форпостом русской науки на востоке страны. За Казанью простирались малоисследованные волжские степи, далее Урал, а за ним и вся необъятная Сибирь. В «Отчете о деятельности Общества естествоиспытателей при Казанском университете в течение первого (1869—1870) года его существования» М. Н. Богданов писал о широких задачах общества по исследованию Восточной России и Сибири и о небольших его возможностях в этом отношении при недостатке научных сил. На первых порах предполагалось ограничиться частными обследованиями отдельных районов Поволжья, Урала и Арало-Каспийских степей. Богданов считал первоочередной задачей общества проведение геологических и ботанических исследований в Поволжье. Сам он хотел заняться био-географическим изучением зверей и птиц в этом же районе.
