В годы учения в университете окончательно сформировался творческий облик будущего исследователя. Этому в большой мере способствовало то обстоятельство, что после смерти Эверсманна в Казани не осталось больше зоологов-фаунистов, советами и руководством которых мог бы пользоваться Богданов. Ему пришлось в значительной степени самому прокладывать путь в науке, творить и мыслить самостоятельно. И он сумел настолько глубоко и всесторонне вести исследование, что созданный им вслед за кандидатской диссертацией новый научный труд сразу же выдвинул его в ряды видных русских зоологов.
Начало научной деятельности (казанский период)
Университет был окончен. Что делать дальше? Вопрос этот помог решить Н. П. Вагнер. На кафедру зоологии был нужен прозектор (должность, соответствующая теперешнему лаборанту). Зная искусство Богданова в приготовлении музейных препаратов и хорошее знакомство с коллекцией кафедры, Вагнер пригласил его на эту должность. М. Н. Богданов остался в Казанском университете.
Два с половиной года, с января 1866 по июнь 1869 г., он проработал прозектором. В 1868 г. вышла в свет первая научная публикация Богданова «Биогеографический очерк тетерева полевого Tetrao tetrix L.». Дополнительные материалы, собранные уже после окончания университета, дали возможность сделать полное описание годового жизненного цикла тетерева и распространения его в Симбирской губернии. Большой интерес представляло описание случаев окраски с совмещением признаков обоих полов («гермафродитная окраска», как назвал ее Богданов). Очерк о тетереве написан живо и ярко, почти беллетристическим стилем.
В эти годы русское естествознание переживало большие сдвиги, отразившиеся на всей его дальнейшей судьбе. Борьба за самостоятельность отечественной науки, за возможность ее независимого развития побуждала ученых России объединить свои усилия. Назрела необходимость организационно оформить свое идейное единение, совместно выработать программу все расширявшихся научных исследований.
Еще в начале 60-х годов ученые России предпринимали попытки созвать общероссийский научный съезд. Однако царское правительство упорно препятствовало этому. И только упорная борьба привела к тому, что наконец в 1867 г. разрешение было получено.
Первый съезд русских естествоиспытателей проходил в Петербурге в декабре 1867 г. Организатором и председателем его был видный зоолог, профессор Петербургского университета К. Ф. Кесслер. Первый съезд был настоящим форумом русских ученых-натуралистов. На его шести секциях (математики и астрономии, физики и химии, минералогии и геологии, ботаники, зоологии, анатомии и физиологии) обсуждались все важнейшие проблемы русского естествознания того времени — от проблемы вида в трудах Дарвина до развития отечественного воздухоплавания и введения десятичной системы измерения. Большое количество докладов было посвящено роли естественных наук в жизни общества, их воспитательному, идеологическому и практическому значению.
