«Филарет умел хитро и ловко унижать временную власть: в его проповедях просвечивал тот неопределенный социализм, которым блистали Лакордер и другие дальновидные католики. Филарет, с высоты своего престола, утверждал, что человек не может законным образом быть чужим орудием... и это он говорил в государстве, где большинство населения были рабами».
Что касается Церкви, она в первую очередь является для Филарета телом Христовым, а не объединением всего под какой бы то ни было единой властью: Церковь должна верно хранить древнее апостольское предание, и для этой цели соборы (и только они) могут высказываться по вопросам веры. Ее единство в определенной мере — понятие мистическое: оно определяется не формальными — внешними, «юридическими» — критериями, но исповеданием одной и той же веры, таинствами, вероучительными определениями соборов. Филарету присущ истинно миротворческий, экуменический дух и глубокое понимание католичества. Отсюда происходит его большое уважение к Римской церкви, которая также происходит от Бога, хотя и отделена от Восточной, поскольку приняла некоторые догматы без ее участия. Филарет писал: «Мое законное уважение к Восточной церкви не означает порицания (или осуждения) церкви Западной. Я оставляю ее на суд вселенской Церкви [то есть Вселенского собора]. Я следую духу своей церкви, которая молится о всеобщем единстве».
В этом духе, даже оставаясь противником папства и, по словам Мартена Жюжи, приверженцем «принципа поместной и национальной автокефалии», Филарет все же воздерживается от «яростной и оскорбительной» манеры ведения спора, «так часто присущей греческим полемистам». Когда он говорит о Римском понтифике в третьем лице, он употребляет титул «Его Святейшество». Главное же заключается в том, что он, помимо этой дипломатической вежливости, и, несмотря на то, что он всегда превозносил «единую, святую, соборную и апостольскую Церковь» и «единство всех православных церквей», был приверженцем либеральной богословской концепции, которой он отчасти обязан протестантскому влиянию, рассматривая Православную церковь как не более чем «одну, хотя лучшую и самую здоровую часть вселенской Церкви».
Его относящийся к 1832 году труд Разговоры между испытующим и уверенным о православии Восточной греко-российской церкви очень ясно показывает, как важно для него было ощущение — очень живое и в то же время основанное на трудах отцов — того, что в основе своей Церковь едина, будучи «Телом Христовым». С горечью признавая раскол христианства, он подчеркивает, что власть Церкви происходит из общего согласия, основанного на Слове Божьем. И, по его мнению, лишь Восточная церковь смогла сохранить чистоту учения как первоначальный залог веры, лишь она является «истинной» Церковью.
