События конца XII и начала XIII в.в., связанные с возвышением Чингиз-хана и борьбой между ним и его соперниками, отразились и на судьбе киргиз. В 1199 г. (год барана) найманы, разбитые Чингиз-ханом и его тогдашним союзником Ван-ханом кераитским (кераиты были также монгольским народом, восточными соседями найманов), бежали в страну Кем-кемджиют. Окончательная победа Чингиз-хана над найманами (кераиты были разбиты им раньше и бежали на юг) и провозглашение Чингиз-хана главой всей Монголии произошло в 1206 году. Главная масса найманов и их союзников меркитов бежала на запад, за Иртыш, но есть известие (в Юань-ши), что предводитель меркитов Тунта-бики весной (вероятно 1207 г.) дошел до реки Кем, по ней (вероятно, река еще была покрыта льдом) шел несколько дней до страны киргизов (Килигисы) и "овладел всеми пятью родами их". Вопреки этим словам, меркиты, повидимому, только прошли через страну киргиз, но не остались там; Чингиз-хан в том же 1207 году (год зайца) отправил к киргизам послов с требованием покорности. Каганов у киргиз в то время уже не было: киргизские владетели носили титул "инал"; у некоторых турецких народов так назывался наследник престола; во всяком случае титул "инал" был ниже титула "каган". Слова Рашид-ад-дина в этом случае не вполне ясны (в тексте есть пропуск); повидимому, было два киргизских "инала", Еди инал и Урус-инал. Чингиз-хан отправил послов к обоим; оба выразили покорность и вместе отправили ответное посольство; киргизских послов по одному рассказу было два, по другому — три; с ними был кречет с белыми глазами (повидимому, только один от обоих иналов). По Юань-ши в стране киргиз были черные и белые кречеты.
Таким образом, киргизы сперва покорились монголам без военных действий: но в 1218 г. (год барса) между ними все-таки произошла война. Против монголов в это время восстали жившие у Байкала народности, туметы и байлуки; так как они были соседями киргиз, то Чингиз-хан потребовал от киргиз войска для подавления восстания; киргизы не только не исполнили этого требования, но сами возмутились против монголов. Против киргиз было отправлено войско под начальством старшего сына Чингиз-хана, Джучи-хана. Начальник монгольского авангарда, Бука, прогнал киргиз и вернулся обратно через восьмую реку (очевидно, имеется в виду одна из восьми речек области ойратов); потом пришел сам Джучи, перешел через покрытую льдом реку Кем-кемджиют (Енисей), покорил киргиз и вернулся обратно.
