Специалисты работали на четвертом этаже в большом светлом зале, который благодаря огромным матовым окнам окрестили «аквариумом». Туполев предложил Королёву должность ведущего инженера в конструкторской бригаде крыла. Рабочий день длился десять часов. После работы заключенных поднимали в так называемый «обезьянник» – железную клетку, построенную на крыше здания для прогулок. Казалось, все предусмотрено. Неясным оставалось лишь одно: как долго такая ситуация будет сохраняться. Находившиеся в «шарашке» не имели никаких прав, и никто не знал, что с ними будет завтра.
29 января 1941 года на Щелковском аэродроме состоялся первый полет пикирующего бомбардировщика. Он прошел успешно и показал преимущества новой машины перед зарубежными аналогами. Теперь туполевцы, и среди них Королёв, с нетерпением ждали скорого освобождения, однако этого не произошло. Туполев вынужден был собрать своих соратников и обратиться к ним с призывом не падать духом и постоянно думать о том, что их труд нужен Родине.
Между тем у порога стояла война. Ее приближение чувствовалось и в ЦКБ-29, где рабочий день увеличили с десяти до двенадцати, а затем – до четырнадцати часов. По вечерам в столовой начали выставлять простоквашу и хлеб, чтобы желающие могли подняться и подкрепиться.
И вот грянуло 22 июня – день начала Великой Отечественной войны. Радио в тюрьме не работало, охрана ничего толком не знала, но сквозь зарешеченные окна узники видели, как на улице под громкоговорителем быстро росла толпа. А потом по «шарашке» пронесся слух: немцы напали!
Когда фронт стал приближаться к Москве, заключенным приказали копать во дворе траншеи-«щели» и переоборудовать под бомбоубежище захламленный подвал. Работали там по четыре часа ежедневно, с шести до восьми утра и с шести до восьми вечера. 20 июля оборудование бомбоубежища было закончено, и уже ночью 22 июля им пришлось воспользоваться во время первого воздушного налета на Москву.
В последних числах июля заключенным объявили, что ЦКБ ночью эвакуируется. Узников на автобусах довезли до товарной станции Казанского направления железной дороги, погрузили в теплушки с зарешеченными окнами, и эшелон двинулся на восток. Куда конкретно, никто не знал. Вскоре эшелон прибыл в Омск. Первую ночь заключенные провели в тюрьме на улице Тарской. На следующий день большую их часть разместили в здании местной школы. Перед прибывшими поставили конкретную задачу: к концу 1941 года освоить серийный выпуск пикирующего бомбардировщика «Ту-2».
