Между этими направлениями возник острый конфликт.
После августовской сессии ВАСХНИЛ 1948 года правительство провело кадровую корректировку лиц, находившихся на руководящие постах в учебных заведениях и научно-исследовательских учреждениях, особенно тех, которые занимались малозначащими для практических потребностей задачами. При этом, как отмечал нарком (министр) земледелия СССР И. А. Бенедиктов, все они были обеспечены работой по специальности в других организациях, приближенных к запросам практики. Биологические и сельскохозяйственные науки в России были сориентированы на решение задач для экономики нашей страны.
Н. С. Хрущев в начале своего правления был недоволен, что академик Т. Д. Лысенко не поддержал его целинную и кукурузную эпопеи и в 1956 году снял его с поста президента ВАСХНИЛ. Однако, когда пылевые бури на целине привели к значительному снижению урожайности пшеницы там, а обещания группы Дубинина по возделыванию межлинейных гибридов кукурузы в северных широтах Советского Союза оказались блефом, то Хрущев вернул Т. Д. Лысенко к руководству ВАСХНИЛ (1961-62 гг.) и до конца своего пребывания на посту Первого секретаря ЦК КПСС поддерживал его работы. Более того, в этот период академик ВАСХНИЛ М. А. Ольшанский, сторонник Т. Д. Лысенко, являлся помощником по сельскому хозяйству Первого секретаря ЦК. В то же время, симпатии Хрущева к Дубинину, Жуковскому и другим, дававшим щедрые обещания по продвижению кукурузы на север, после фиаско этих обещаний охладели.
Тем не менее, и в этот период в Советском Союзе продолжалась ожесточённая подковёрная борьба представителей "мировой науки" с мичуринской биологией. Так, в 1964 году на выборах в состав Академии наук СССР кандидатура Героя Социалистического труда В. Н. Ремесло в члены-корреспонденты АН СССР была провалена на первом этапе голосования на отделении биологических наук только за то, что он создавал свои шедевры озимой пшеницы по теориям и методологическим разработкам академика Т. Д. Лысенко и не скрывал этого. Причем подковерным кукловодом здесь был Н. П. Дубинин, а клакерами группы поддержки ― физики типа Сахарова и Тамма, при покровительстве тогдашнего президента АН СССР Келдыша.
Сразу же после снятия Н. С. Хрущева открылись все шлюзы, которые раньше несколько сдерживали потоки нападок на мичуринскую биологию, что привело к административному изгнанию её из Академии наук СССР, ВАСХНИЛ, РАМН и из ведущих научно-исследовательских учреждений и университетов, а также из программы обучения в средних школах, техникумах и высших учебных заведениях. Имена Т. Д. Лысенко и И. В. Мичурина были преданы "анафеме". Всё это было обусловлено не столько научными, сколько мировоззренческими причинами, в частности, имеющей глубокие исторические корни (см. выше) зависимостью группы ведущих российских биологов от западных научных и философских редукционистских школ. В своем письме в правительство в начале 1970-х гг. Т. Д. Лысенко писал: "В общем борьба в биологической науке ― это в большой степени идеологическая борьба… Причем в нашем конкретно случае ― в разгроме нашей мичуринской биологии, как известно, даже для формы никакой дискуссии не было".
