В плохом состоянии были многие казенные дома, как явствует из материалов упоминавшейся инвентаризации. Ряд зданий, видимо, из уцелевших после пожара, не подлежал даже ремонту. Так, о двух домах, занимавшихся «медицинскими чинами», в пояснениях к чертежам сказано: «...весьма ветхом состоянии и стоит впусте» ― о первом, и «...состоит в совершенной ветхости» ― о втором. Другие, особенно гражданского ведомства, имели весьма жалкий вид. В ноябре 1804 года Оренбургская палата уголовного суда жалуется, что пришедшие в ветхость печи нельзя топить, и просит пристроить к флигелю крыльцо, «чтобы снег не заносило». Многие постройки, даже Гостиный двор, после пожара были покрыты лубьями, эти крыши быстро приходили в негодность и протекали.
Оренбург с 1802 года стал уездным городом, и все гражданские губернские учреждения снова возвратились в Уфу, где был центр губернии, но резиденция и управление военного губернатора осталась в Оренбурге, что существенно влияло на дальнейший рост и благоустройство города.
Первым зданием, построенным в XIX веке на казенный счет, была мечеть. Место для нее было оставлено в квартале «для азиатцев» еще при перепланировке 1786 года. В то время необходимость такой постройки диктовалась прежде всего политикой. В именном же «повелении» от 6 мая 1802 года сказано, что мечеть в Оренбурге нужно строить «в ободрение жительствующих в Оренбурге, и по торговому промыслу приезжающих туда ж в немалом числе разных магометанскаго звания народов, и по прошению представленному мне (то есть Александру I) от Трухменскаго Пиргали Хана»; одновременно указывалось, что строение «состоять должно без всякого лишнего великолепия и единственно так только; чтоб с приличием могло производиться богослужение». Так и поступили. Присылая утвержденные план и фасад мечети, которые, по-видимому, и «сочинялись» в столице, министр внутренних дел Кочубей писал в сопроводительной бумаге: «чтобы по плану сему было немедленно приступлено к постройке здания».
Надзор за строительством был поручен полицмейстеру за неимением в это время архитектора на службе, хотя в городе тогда и жил специалист ― архитектор Мусатов. Уже в октябре 1804 года полицмейстер доложил новому военному губернатору князю Г. С. Волконскому о готовности здания мечети. Если не считать Гостиного двора, который своими обращенными на улицу глухими стенами напоминал восточные караван-сараи, то эта мечеть была в городе-крепости первым зданием, которое внесло в него восточный колорит. Во второй половине XIX века мечеть перестраивалась; здание это сохранилось до наших дней, утратив минарет и связанную с ним часть со стороны переулка Каширина.
