В ночь на 7 августа Софья заперлась в Кремле и собрала под ружьем до 700 стрельцов. Напуганный Петр той же ночью уехал из Преображенского в Троице-Сергиев монастырь, где было собрано тайное ополчение, к которому присоединились солдаты и некоторые стрельцы. На сторону Петра перешел царь Иван. Петр писал старшему брату: «Теперь, государь братец, настает время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быти не изволяем… Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас!».
Софье отправили прямой запрос, чего ради она собирала ночью стрельцов. Она ответила, что эти войска должны были сопровождать ее в богомолье. В свою очередь, Софья послала к Петру князя Троекурова убеждать его вернуться, — царь наотрез отказался. Тогда царевна сама двинулась к Троице, думая уладить дело путем личного свидания с братом. Но послы Петра встретили ее и потребовали, чтобы она вернулась обратно, угрожая применить силу. Дорога от Воздвиженского, где находилась Софья, до Троицы лежит под огнем монастырских пушек; царевне оставалось только вернуться, горько жалуясь на свою неудачу оставшимся ей верными старым стрельцам. А в Москву уже явились сторонники Петра, требуя, чтобы им выдали приближенных Софьи. Особенную их ненависть вызывал начальник стрелецкого приказа Федор Шакловитый. Того же требовали у царевны и пока еще верные ей стрельцы, говоря о том, что пора прекратить смуту. Царевна отказалась выдать верного своего слугу и одного из лучших друзей, убеждая их, что злые люди хотят рассорить ее с братом и обвиняют Шакловитого из зависти к его безупречной службе. Она напомнила им, что управляла государством семь лет, приняв правление в смутное время, восстановила мир, поддерживала христианскую веру, защищала и укрепляла границы. Она поила их вином и водкой и умоляла остаться верными ей. Но стрельцы стали грозить ей мятежом. Обливаясь слезами, царевна поспешила приготовить Шакловитого к смерти; его причастили, и Софья своими руками отдала его стрельцам. Его отвезли к Петру, допрашивали, пытали, а позже отрубили голову.
7 сентября издан указ об исключении имени царевны Софии из титула. Молодые цари заточили бывшую регентшу в Новодевичий монастырь, казнив ее приближенных.
* * *
Софье напомнила о себе в 1698 году, во время необычайного для русских людей путешествия царя Петра за границу. По Москве пошли слухи, что царевна говорила, будто Петр I не является ее братом, что в Европе его подменили. Выведенные из терпения действительно тяжелыми условиями службы, четыре стрелецких полка на пути из Азова к западной границе возмутились, подстрекаемые сподвижниками Софьи. Но мятежников разгромили под Воскресенским монастырем. Царь Петр сам учинил допрос сестры, и та наотрез отказалась от всякого участия в мятеже. Легенда гласит, что, выходя из кельи Софьи, царь произнес с сожалением: «Умна, зла, могла бы быть правой рукой». Но даже если эта легенда правдива, то, несмотря на невольное уважение, выказанное сестре, Петр все равно повесил 195 человек под окнами Новодевичьего монастыря и не позволял снимать трупы на протяжении 5 месяцев.
