Географические рамки работы ограничены территорией СССР в границах 1941 г. Спецлагеря НКВД в Германии и деятельность уполномоченных НКВД при фронтах на территории Восточной Европы специально не рассматривались.
Методологическую основу исследования составляют общие методы и принципы исторической науки: историзм, объективность, целостность и причинность. Изучение социальных аспектов проблемы потребовало привлечение положений современной социальной истории и методов интерпретации текстов. Важное значение для работы имела историческая дедукция ввиду отсутствия документации по всем конкретным объектам системы. Индуктивные обобщения допускались только тогда, когда частные свидетельства одного и того же типа присутствовали в большом количестве не связанных друг с другом источников.
Проведенное исследование отвергает крайности тоталитарных и ревизионистских подходов к оценке политической системы в СССР 1930–1950-х гг. Как свидетельствуют факты, исследование роли политического фактора (в частности установок Сталина и конкретных обстоятельств принятия тех или иных решений) необходимо дополнить изучением низовых структур, имевших возможность некоторых самостоятельных действий, границы которых расширялись в условиях войны.
Термины спецлагерь, проверочно-фильтрационный лагерь и фильтрационный лагерь используются как синонимы. Между понятиями «спецпроверка», «проверка», «фильтрация» и «государственная проверка» поставлен знак равенства, так как все они употреблялись по отношению к бывшим военнопленных и «окруженцам» и были одинаково лишены заранее определенного содержания. Термин «проверка» выбран основным как наиболее простой и адекватно отражающий суть явления.
Проходившие проверку в документах эпохи могли называться «спецконтингентом», «бывшими военнослужащими», реже — бывшими военнопленными. Первые два термина употребляются в кавычках, так как несут в себе определенные дискриминационные коннотации. Исследователи предлагали другие варианты, например «узники ПФЛ» (Суслов) или «фильтранты» (Рябова). Последний термин как удачная находка используется в настоящем исследовании. Помимо него лагерные контингенты обозначаются нейтральными словами: проверяемые, вернувшиеся из плена.
Термином «окруженцы» в документации описывались два различных явления — вышедшие из окружения военнослужащие и военные, оставшиеся на оккупированной территории и проживавшие там как гражданские лица до прихода Красной Армии. В связи с этим оно употребляется в кавычках.
