В годы Великой Отечественной войны действовала система специализированных учреждений для проверки бывших военнопленных и «окруженцев»: 69 спецлагерей и проверочно-фильтрационные пункты НКВД, сборно-пересыльные пункты и специальные запасные части НКО. Помимо них, в фильтрации принимали участие войска НКВД по охране тыла, ИТЛ ГУЛАГа и лагеря для военнопленных. На всем протяжении войны наибольшей самостоятельностью в определении дальнейшей судьбы бывших пленных и «окруженцев» обладали сотрудники фронтовых органов — особых отделов НКВД и отделений СМЕРШ.
Созданная в начале 1942 г. как жестко централизованная, к 1943 г. система проверки превратилась в совокупность учреждений с разными задачами и видениями процесса фильтрации. Всегда присутствовавшие на деле нелинейность и вариативность путей прохождения проверки бывшими военнопленными усилились после реформы СПП января 1943 года. На протяжении 1943–1944 гг. с появлением новых контингентов и усилением их трудового использования система проверки теряла свои первоначальные функции. В итоге к концу войны основная фильтрационная работа была перенесена в запасные части, рабочие батальоны и территориальные органы госбезопасности, т. е. в те же институты, которые реинтегрировали бежавших из плена и вышедших из окружения в действующую армии в кризисный 1941 г.
Неоднозначными также были пропагандистский фон и идеологическое наполнение фильтрации. В агитационных материалах конкурировали противоречащие друг другу линии: попадание в плен одновременно было актом предательства, средством запугивания, поводом для сочувствия и стимулом для мести. Общество, оказавшись в ситуации неопределенности «генеральной линии», проявило заметную инерцию, охотнее принимая установки о недопустимости плена, чем предпринимавшиеся в 1941 г. попытки идеологически нормализировать статус бывших военнопленных. При этом значительное количество граждан, особенно связанные с пленными личными связями, не только с пониманием относились к их положению, но и старались им помочь, причем это относилось не только к родственникам, но и к сотрудникам ПФЛ и непосредственно занятым проверкой контрразведчикам. Последнее особенно важно — специфика работы учреждений системы, внешние условия, а в случае со спецлагерями приоритет трудового использования проверяемых ставили контрразведывательное содержание проверки в зависимость от личных качеств проводивших ее чекистов и их персональных представлений о войне, плене и каждом конкретном подследственном.
