В возрасте шести лет, он как обыкновенный новичок поступил в монастырь Палри (Шрипарвата) в долине Чонгье, местонахождение Трангпо Терчен Шераб Озера (1517–1584). Цогьял Тулку Нгаванг Лобсанг Пема дал ему имя Пема Кьенце Озер.
С шести до тринадцати лет, он провел больше времени, как он говорит «в шумных играх» с новичками его возраста, чем над учебой. Он жил жизнью бедного послушника, с небольшой помощью в обучении, и под строгим наблюдением наставников год за годом. Однако, его интенсивное рвение к Дхарме, его спонтанная преданность Гуру Ринпоче и его врожденное сострадание ко всем существам, особенно к животным, поддерживали его и сделали его детство крайне счастливым и наделенным смыслом. Хотя он казался маловажным послушником, его внутренняя жизнь была очень богатой. Его дни были наполнены медитативными достижениями и вдохновляющими чистыми видениями. Его ночи растворялись во снах духовных переживаний и видений.
В таких условиях он овладел грамматикой, логикой, астрологией, поэзией, историей, медициной и многими священными текстами сутры и Тантры. За исключением, получения передачи эзотерических посвящений, он не чувствовал необходимости иметь учителя или изучать интеллектуальный предмет в деталях, как делали другие серьезные ученики. Он выучил разные предметы, подслушав их в классах других учеников или мельком взглянув на текст. Многими предметами он овладел, изучая и затем осознавая их в медитации. Джигме Лингпа был рожден ученым, в силу пробудившейся мудрости реализации в нем самом. Хотя внешняя манифестация была окончательно и полностью разразившейся силой безграничной мудрости намного позже, когда у него было виденье Лонгчен Рабжама, в возрасте тридцати одного года. Он пишет:
«По природе я был счастлив, когда я мог что-либо изучать (любой предмет, такой как) язык, светские писания, канонические священные тексты и комментарии на них или учения Ваджра(яны), окончательной природы. Я изучал их с огромным уважением, как во время дневного света, так и под светом свечи. Но мне тяжело было иметь возможности обучаться с учителем, хотя бы один день. Однако, в чудесном Самье Чимпу, созерцанием Лонгченпы три раза и получением благословения через различные знаки, моя карма («обучающей мудрости») пробудилась из (глубин) Великого Совершенства."
От Нетена Кунзанг Озера он получил первое главное посвящение, передачу Тролтик Гонгпа Рангтрол, учение открытое Тренгпо Терчен Шерап Озером (иначе называемым Дродул Лингпа), цикл Лама Гонгду открытый Сангье Лингпой (1340–1396), и Семь Сокровищ и Три Колесницы, Лонгчен Рабжама (1308–1363).
