По прежнему, в спокойной манере, он продолжал принимать людей и давать благословения и учения, по просьбе. Днями вокруг его резиденции шли дожди из цветов и мягкие землетрясения повторялись снова и снова. Однажды он отправился в Намтрол Це, новый верхний скит и выразил великую радость, будучи там. Он принял несколько гостей и дал учение.
На следующий день, третий день девятого месяца, в год Земляной Лошади (1798), он дал учение по медитации на Белую Тару. С самого раннего утра, сильное, сладкое благоухание заполнило всю обитель. Небо было абсолютно чистым и не было ни дуновения ветерка, только мягкий дождик продолжительно падал с голубого неба. Все были изумлены, но встревожены. Затем в раннюю часть ночи, он попросил, чтобы были приготовлены новые подношения на алтаре. Как только он сел в позу мудреца, все выражаемые им проявления растворились в изначальной природе.
Его ученики обнаружили два различных завещания, спрятанных в различных местах. Они включали наставления по медитации его ученикам и инструкции для проведения похоронной церемонии и реинкарнации. Одно из завещаний содержало следующие строки:
Я всегда в состоянии окончательной природы;
Для меня нет прихода и ухода.
Проявление рождения и смерти не более чем условно.
Я просветлен в великой изначальной свободе».
После нескольких месяцев церемоний в Церинг Джонг и многих монастырях и храмах в центральном и восточном Тибете и Бутане, его тело поместили в золотую ступу в обители Церинг Джонг, и оно хранилось там до тех пор пока женский монастырь Церинг Джонг не был разрушен пару десятилетий назад.
После его смерти, его хорошо известные перерождения включают: До Кьенце Еше Дордже (1800–1866), известный как инкарнация его тела; Патрул Ринпоче (1808), инкарнация речи; Джамьянг Кьенце Вангпо (1820–1892), инкарнация ума.
Джигме Лингпа принес девять томов записанных текстов открытых сокровищ и терма.
Самый известный из них — это Лонгчен Ньингтиг, собрание наставлений по медитации и ритуальным текстам в двух (или трех) томах, которые были открыты как учения терма; Пурба Гюлюк, один том практик Ваджракилаи, содержащий как канонические тексты, так и терма; Йонтен Ринпоче Дзо, с двухтомным автокомментарием, его самая известная научная работа; Лама Еше, которое стало наиболее исчерпывающим руководством по медитации Дзогпа Ченпо в традиции Ньингма.
Лонгчен Ньингтиг остается важной традицией терма, и со своими научными писаниями, линия Джигме Лингпы стала одной из самых популярных подшкол традиции Ньингма в настоящее время. В линии Лонгчен Ньингтиг все ученики и великие ученики были равными великим адептам, как предсказывал Джигме Лингпа:
