Беспартийный Продан также занимал должность заместителя секретаря Совета национальной безопасности и обороны Украины. Его первые задачи могут включать переговоры о поставках российского газа и продвижение реформ в энергетике, рассматриваемых как ключевой фактор соглашения об ассоциации с Европейским союзом.
С Юлией Тимошенко Юрий Продан знаком еще из тех времен, когда лидер БЮТ занимала должность вице-премьер - министра по вопросам топливно-энергетического комплекса. Тогда он был руководителем ДП «Энергорынок».
За свою карьеру фигурировал в нескольких коррупционных скандалах по неуплате налогов, нецелевому использованию кредитов и созданию коррупционных схем в отрасли, разворовыванию бюджетных средств в ядерно-энергетическом комплексе.
В сентябре 2005 года Генеральная прокуратура Украины возбудила уголовное дело по факту злоупотреблений в ОАО «Киевэнерго», свидетелями по которому проходят Юрий Продан и и. о. министра топлива и энергетики Иван Плачков. В частности, речь идет о четырех эпизодах: нецелевое использование счетов со специальным режимом; нанесение убытков компании «Газ Украины» в размере 150 млн грн, неуплата налогов и нецелевое использование кредита Мирового банка.
В 2006 году бывший директор «Укринтерэнерго» Олег Бугаев предъявил обвинение министру Ивану Плачкову и его первому заместителю Юрию Продану в организации коррупционных схем и личных бизнесов-интересов в энергетическом секторе Украины. В частности, речь шла о том, что руководство Минтопливэнерго создало монопольное положение на рынке юридических услуг в энергетическом секторе для компании «АРКА», основателями которой были Светлана Плачкова (жена Ивана Плачкова) и Елена Березовская — жена Юрия Продана. Министр топлива и энергетики говорит, что 20 % акций, которыми его жена владеет в компании «АРКА», не позволяют ей серьезно влиять на работу компании, пишет «Полит Рада».
В сентябре 2007 года секретарь следственной комиссии по расследованию нарушений в газовой сфере, народный депутат Александр Голубь заявил, что бывший первый заместитель министра топлива и энергетики Юрий Продан несет полнейшую ответственность за газовые договоренности 2006 года, повышение цены на газ и электроэнергию, а также за продажу стратегического запаса урана в 2005–2006 годах, разворовывание бюджетных средств в ядерно-энергетическом комплексе.
В феврале 2008 года Юрий Продан заявил, что Министерство топлива и энергетики намерено возвратить в «Днипроэнерго» тот объем акций, который раньше был в государстве.
