Куба в то время являлась главным опорным пунктом испанских колониальных владений в Америке. Природа острова показалась Гумбольдту земным раем, но трудовому человеку жилось здесь очень тяжело. Плантации сахарного тростника, кофейные и табачные плантации обрабатывались каторжным трудом рабов негров.
Рабство негров встретило в Гумбольдте решительного противника. С особенным негодованием говорит он о «писателях, которые стараются прикрыть двусмысленными словами варварство этих отношений, изобретая термины негров крестьян, ленной зависимости черных и патриархального покровительства. Но изобретать такие термины для того, чтобы затемнять постыдную истину, значит осквернять благородные силы духа и призвание писателя».
Гумбольдт был свидетелем отвратительного зрелища продажи рабов, которых покупатели осматривали, как лошадей. Впоследствии он написал большую монографию под названием «Политическое исследование острова Кубы». Опубликование ее в 1828 году совпало с волной народных восстаний в Америке. В этой монографии Гумбольдт приводит интересные статистические данные о работорговле. Только в английские владения в Вест-Индии до 1786 года было доставлено более 2130 тысяч рабов, насильственно вывезенных из Африки; в эту цифру он не включил погибших на море во время перевозки через Атлантический океан.
Он ненавидел рабство и считал обязанностью «путешественника, видевшего вблизи то, что терзает и унижает человеческую природу, довести жалобы несчастных до сведения тех, долг которых оказать им помощь».
В предисловии к исследованию политического положения острова Кубы имеется раздел об уничтожении рабства. В нем Гумбольдт писал: «Этой части моего произведения я придаю гораздо большее значение, чем всем требующим большого тру да работам по астрономическому определению положения места, магнитному наклонению и сопоставлению статистических данных».
Кроме острова Куба, Гумбольдт посетил также острова Гаити и Ямайку.
Эти исследования были прерваны известием о том, что капитан Боден, с которым Гумбольдт встречался в Париже, отплыл, наконец, из Франции и собирается исследовать берега Чили и Перу. Гумбольдт написал Бодену письмо, в котором сообщил, что он предполагает встретиться с ним в городе Лима.
После этого он нанял небольшое судно и 8 марта 1801 года вышел из порта Батабаньо, расположенного на южном побережье Кубы. Он решил идти к берегам Колумбии — в порт Картахену, а оттуда плыть к Панамскому перешейку, пересечь его и двигаться дальше по Тихому океану к городу Лима. Этим путешествием Гумбольдт стремился, в частности, решить вопрос о возможности создания канала на Панамском перешейке. Но узнав, что в это время года из-за встречных ветров путь этот займет несколько месяцев, он изменил свой план и решил подняться в лодке по реке Магдалене, чтобы пересечь Анды и выйти на тихоокеанское побережье до прихода французского мореплавателя. 30 марта 1801 года Гумбольдт и Бонплан прибыли к устью реки Магдалены и высадились в городе Картахене.
