В результате этого путешествия Гумбольдтом была окончательно решена проблема соединения Ориноко и Амазонки на границе между испанскими и португальскими владениями. Гумбольдт предвидел большую экономическую выгоду этого естественного канала, соединяющего две великие речные системы Южной Америки.
Выйдя из Касикьяре, путешественники вновь очутились в Ориноко и поднялись вверх почти до истока этой реки.
Теперь оба путешественника отдались на волю течения и поплыли вниз по Ориноко; меньше чем за 26 суток они проплыли свыше 2 250 километров и 20 мая 1800 года остановились на три недели в городе Ангостуре, так как Бонплан сильно страдал от лихорадки.
Испытания и труды путешественников были вознаграждены важными географическими открытиями.
Четырехмесячное путешествие по безлюдным рекам, среди роскошной первобытной природы, доставило Гумбольдту высокое наслаждение и дало наглядное представление об особенностях тропического лесного пояса.
Во время этого путешествия было пройдено 10 370 километров по стране, совершенно незатронутой научными исследованиями. Гербарий, собранный Бонпланом и Гумбольдтом за это время, состоял из 12 тысяч растений (1600 различных видов). Чтобы коллекции не погибли, они отсылали их в Европу по частям. Все же треть растений погибла от сырости и мошкары. Астрономические определения географического положения многих пунктов позволили создать первую карту района Ориноко и Риу-Негру.
В отчетах Гумбольдта содержится множество наблюдений над жизнью, бытом, культурой совершенно неизвестных в то время индейских племен. Он с большой симпатией отзывается об индейцах, считает их народом одаренным, с богатой духовной жизнью. Истинными дикарями Гумбольдт считал не индейцев, а миссионеров и выступал против теории высших и низших рас; индейцев он считал расой, равноценной с европейцами.
10 июля 1800 года, после выздоровления Бонплана, путешественники из Ангостуры через льяносы прибыли в Новую Барселону, где пробыли несколько недель, занимаясь коллекционированием растений и животных. Отсюда они направились в Куману для отдыха и отправки коллекций в Европу. В Кумане Гумбольдт пытался нанять судно, чтобы на нем посетить остров Кубу, но гавань была блокирована английскими военными кораблями. Пришлось на маленьком паруснике переправиться в Новую Барселону и здесь нанять корабль.
24 ноября 1800 года путешественники покинули побережье Венесуэлы и после 25-дневного плавания (которое затянулось из-за плохой погоды) прибыли в город Гавану. На Кубе Гумбольдт и Бонплан пробыли несколько месяцев. Они занимались съемкой берегов острова, совершали экскурсии в глубь страны, изучали природу и экономику.
