Имеется письменное упоминание, что султан вручил учителю розгу, разрешив ему, если необходимо, наказывать наследника. Говорят, мулла как-то занимался с ним, держа розгу в руке, а потом сказал: «Твой отец послал меня учить тебя, но также держать тебя в порядке, если ты откажешься подчиняться мне». Мехмед в ответ рассмеялся. Тогда мулла обрушил на него такой град ударов, что с того времени и впредь ученик относился к своему учителю с большим уважением, вскоре изучил с его помощью весь Коран. При наличии рядом таких просвещенных ученых и советников Мехмед вырос достаточно хорошо образованным.
Помимо этого при дворе Адрианополя Мехмед обучался ведению государственных дел. Этим с ним занимался отец, а после его возвращения в Азию — великий визирь и его окружение. Мехмед, высокомерный и развитой не по годам, в своих отношениях с Халилом довольно скоро проявил надменную решимость идти своим путем. Вскоре после отъезда Мурада сын вызвал в Адрианополе беспокойство своей явной поддержкой еретического религиозного движения в лице персидского миссионера, лидера секты дервишей, которая проповедовала, в числе других неортодоксальных взглядов, духовное родство ислама и христианства. Мехмеду пришлись по душе экзальтированные идеи проповедника. Он привечал его при своем дворе и тем самым существенно помог проповеднику найти восприимчивую аудиторию среди жителей города.
Это вызвало тревогу и негодование религиозной верхушки, возглавляемой великим муфтием, и великого визиря Халила, который был мусульманином старой школы. Застав перса в момент произнесения ересей, они задержали его. Но проповедник бежал и укрылся у Мехмеда во дворце султана. Мехмеду, однако, пришлось выдать своего протеже муфтию, который так яростно осудил еретика с кафедры мечети и настолько возбудил чувства толпы, что люди сожгли проповедника, привязанного к столбу, причем муфтий даже опалил свою бороду, слишком близко подойдя к костру. Последователи еретика тоже были уничтожены. Инцидент обнаружил у Мехмеда пристрастие к персам и к неортодоксальным взглядам, что было характерно для его пытливого ума, но чревато опасными последствиями в будущем. Плохое начало во взаимоотношениях юного наследника с османским религиозным и гражданским истеблишментом было ударом по самолюбию молодого человека, посеявшим в его душе семена горькой обиды. Халилу он этого так и не простил. У Мехмеда, с детства замкнутого по характеру, такие кризисы лишь усиливали чувство отчужденности от всех.
