Все анализы приходилось делать вручную – автоматические секвенаторы появились лишь спустя несколько десятилетий. Вёзе с сотрудниками выбрали метод, предложенный в 1965 г. британским биохимиком Фредериком Сенгером – одним из немногих ученых, дважды удостоенных Нобелевской премии. Процедура предполагала ферментативное разделение генов РНК на небольшие фрагменты, с которыми проще было работать. Потом фрагменты подвергали секвенированию, а затем восстанавливали всю молекулу и определяли полную нуклеотидную последовательность. Процедура была дорогой, и Вёзе обратился за финансовой поддержкой в программу НАСА по астробиологии. Работа была чрезвычайно медленной и кропотливой. Поначалу на секвенирование одного гена 16S рРНК уходили месяцы. Большинству ученых такая работа показалась бы невероятно занудной, но Вёзе она нравилась – это было похоже на сборку гигантского пазла.
К весне 1976 г. группа Вёзе определила полные нуклеотидные последовательности 16S рРНК широкого круга бактерий. Далее ученые переключили внимание на одну особую группу микробов, называемых метаногенами. Эта очень необычная группа микроорганизмов получила название в связи со способностью производить метан в качестве побочного продукта при переработке углекислого газа и молекулярного водорода, из которых эти микробы получают энергию. На основании внешних признаков ученые считали метаногенов особой группой бактерий, однако произведенный Вёзе генетический анализ показал, что это вовсе не бактерии. Вёзе понял, что его исследования полностью перевернули основы биологической таксономии. Выяснилось, что самых древних ветвей на дереве жизни было не две (эукариоты и прокариоты), а три и все они отделились от корня на самых первых этапах развития жизни.
Вёзе назвал новую группу организмов архебактериями, но позднее их стали называть просто археями, что означает «древнейшие». Далее он начал перестраивать дерево жизни. На рисунке Вёзе все, что составляло дерево Дарвина, оказалось лишь одной ветвью нового дерева. В завершенном виде дерево было больше похоже на сложную несимметричную снежинку с тремя ветвями, отходившими от общего ствола в разных направлениях. Вёзе назвал эти три основных направления доменами. В кругах микробиологов это открытие назвали «революцией Вёзе».
В 1977 г. Вёзе, Фокс и НАСА объявили в прессе об открытии домена архей; по времени объявление совпало с публикацией соответствующей статьи в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences. Новость была воспринята с недоверием и даже гневом. Усугубляло ситуацию еще и то, что Вёзе обладал репутацией чудаковатого затворника, занимающегося непонятными вещами. Некоторые считали, что его данные слишком фрагментарны для построения филогенетического дерева, а кто-то даже полагал, что Вёзе слегка тронулся умом. Один из самых влиятельных эволюционных биологов XX в. Эрнст Майр, ставший самым яростным критиком Вёзе, сообщил корреспонденту газеты New York Times, что работа Вёзе – полная бессмыслица. Вёзе обычно защищался от критики тем, что писал письма редакторам, но это слабо помогало. Его даже не пригласили на первую серьезную научную конференцию, посвященную обсуждению его теории. Впрочем, возможно, даже получив приглашение, он не приехал бы.
