Карл Вёзе решил прояснить ситуацию. В 1969 г. он написал Френсису Крику удивительное письмо – своего рода план того, что Вёзе собирался сделать в последующие 20 лет и что он надеялся получить (и в конечном итоге получил). Вёзе писал Крику, что планировал использовать ДНК для выявления, как он выразился, «внутренних палеонтологических летописей», указывающих на истинные родственные связи между организмами. «Выявляя предковые последовательности генов, можно надеяться увидеть следы эволюции клеток». Он осознал возможность использовать генетический код для заполнения пробелов в наших знаниях о ранних этапах эволюции, которые не удается заполнить с помощью палеонтологических данных. Он планировал секвенировать ген (то есть определить его полную нуклеотидную последовательность), являющийся общим практически для всех живых существ, а затем на основании его вариаций воссоздать историю эволюции.
К началу 1960-х гг. процесс секвенирования белков (определения последовательности аминокислот в молекуле белка) превратился в рутинный анализ. Эмиль Цукеркандль и Лайнус Полинг выделяли белки из современных организмов, которые можно было разместить на филогенетическом дереве. Они показали, что степень различия белковых последовательностей зависела от того, насколько давно разошлись соответствующие виды организмов в соответствии с палеонтологическими данными. Измеряя различия между белковыми последовательностями из разных источников, можно рассчитать, как давно организмы разошлись от общего предка (ученые называют это принципом «молекулярных часов»).
Однако не все белки встречаются во всех организмах. Вёзе нужно было найти что-то, что содержалось в клетках всех известных организмов, копировалось с высокой точностью и подвергалось мутациям достаточно редко, чтобы можно было проследить за изменениями за несколько миллиардов лет. Он выбрал гены рибосомной 16S РНК (сокращенно 16S рРНК), названной так в соответствии со скоростью ее осаждения при центрифугировании. Гены 16S рРНК достаточно длинные, так что с их помощью можно получить подробную информацию, но не слишком длинные, и поэтому их не очень сложно секвенировать.
К моменту начала работы по секвенированию Вёзе ушел из лаборатории General Electric и оказался в Иллинойском университете в Урбана-Шампейне по приглашению молекулярного биолога Сола Шпигельмана, который когда-то присутствовал на лекции Вёзе в Институте Пастера в Париже. В Иллинойсе Вёзе руководил небольшой группой исследователей, самым талантливым из которых был Джордж Фокс, принимавший активное участие во всех самых важных открытиях научной группы. Вместе они начали сложный процесс секвенирования генов 16S рРНК.
