В 1884 году после краткой поездки в европейскую часть России он решил организовать экспедицию, которую и предпринял в 1885–1886 годах. Новое путешествие длилось год, из которого 10 месяцев прошли в Сибири. Разрешение на поездку давалось на правительственном уровне в С. — Петербурге, и в целом доброжелательная к России и русским книга «Кочевая жизнь в Сибири» стала важным аргументом в пользу американского путешественника. Сопровождал Кеннана фотограф и художник Джордж А. Фрост, его соратник еще по телеграфной экспедиции 1864 года.
На этот раз внимание американцев привлекли другие жители Сибири. Если предыдущие поездки пришлись на «эру великих реформ» Александра II, то теперь Кеннан и Фрост очутились в России во время контрреформ и подавления революционного движения, предпринятого сыном Александра. Сибирь 1880‐х была переполнена революционерами и реформаторами, врагами и критиками царизма. В ходе поездки американцы встречались и беседовали более чем с 500 сосланными в Сибирь революционерами, в числе которых были В. Г. Короленко, Е. Брешко-Брешковская, князь А. А. Кропоткин (брат П. А. Кропоткина) и др. Кеннан писал: «Среди них были несколько самых лучших, самых смелых и самых щедрых душой представителей и представительниц человечества, с которыми я когда-либо встречался… Я бы гордился ими, если бы они были моими братьями и сестрами, и, пока они живы, они могут рассчитывать на любую мою помощь, которую может оказать брат». Особенное впечатление на Кеннана произвели Н. М. Ядринцев и Е. Брешко-Брешковская, «бабушка русской революции», проводившая посетившего ее в ссылке американца словами: «Мы можем умереть в ссылке, и наши внуки могут умереть в ссылке, но что-то из этого выйдет».
Вернувшись в США в августе 1886 года, Кеннан опубликовал в финансировавшем его экспедицию журнале Century серию статей, в которых описывал ужасающие условия содержания политических ссыльных и каторжников в Сибири и возмущался по поводу деспотизма и преследований политической оппозиции в России. Журнал, отметая обвинения (высказанные, в частности, в статье сотрудника русского посольства в Вашингтоне П. С. Боткина «Голос за Россию») в том, что критические статьи Кеннана чересчур мрачно рисуют картину жизни в России, писал в 1888 году:
Эта критика исходит от страны, чьи взаимоотношения с Россией отличаются особенной сердечностью. Она печатается в журнале, опубликовавшем «Жизнь Петра Великого» и заметно способствовавшем повышению дружелюбного интереса американцев к жизни в России, и эта критика принадлежит перу человека, который откровенно демонстрировал свое дружелюбие к русскому правительству.
