Поэтому, когда Ковалевский уехал, Софья Васильевна часто вспоминала о нем, что очень не нравилось Анне и Жанне. Они не без основания подозревали, что Ковалевский очень жалеет, что его брак фиктивный, и дает это понять жене. Одной из причин, почему Владимир Онуфриевич избрал для работы Вюрцберг, а не Вену, было то, что Вюрцберг находился совсем близко от Гейдельберга. Всего пять часов езды отделяло его от Софьи Васильевны, и в любой момент он мог ее увидеть. Но в Вюрцберге ему нечего было делать, так как ни в музее, ни в библиотеке не обнаружилось интересующих его материалов. Профессора тоже не могли ему дать ничего нового. И тогда он направился в Мюнхен, в университет. Софья Васильевна скучала без мужа и ждала, что Ковалевский прервет свои странствия и снова приедет в Гейдельберг. Она до сих пор не могла понять, как трудно Владимиру Онуфриевичу находиться с ней рядом в качестве друга: ведь он с каждым днем любил Софью все больше и больше и тяготился нелепостью своего положения. В то же время сам Ковалевский, несмотря ни на что, не представлял себе, как он сможет жить без этой маленькой, одержимой наукой женщины. Он старался, как мог, заглушить свои чувства, очень много занимался палеонтологией и геологией, переезжал из города в город, но нигде не мог обрести душевный покой.
Софья Васильевна до конца не понимала истинной причины его странствий. «Значит, он вполне может обойтись без меня, — думала она, — без моих душевных бесед, без радости взаимного понимания, которое возникает только меж близкими людьми. А ведь он мне нужен, он должен всегда быть подле меня, ловить мои мысли и угадывать желанья. Выходит, я ему не нужна?»
Как-то Софья Васильевна с горечью сказала Юлии Лермонтовой, что Ковалевскому «нужно только иметь около себя книгу и стакан чая, чтобы чувствовать себя вполне удовлетворенным». Но в глубине души она не могла в это поверить и часто писала ему подробные письма о жизни их маленькой женской коммуны, не упуская мелочей.
«До свидания, милый, — писала она Владимиру Онуфриевичу. — Приеду к тебе, только что начнутся праздники, значит, через полторы недели. С нетерпением жду этого времени. Так хочется потолковать и помечтать с тобой, особенно когда почему-нибудь весело на душе, то как хочется поделиться с тобою. Как я буду рада, если на лето пустят меня в Берлин. Пиши почаще и люби свою Софу».
Ковалевская не только писала мужу нежные письма, но и приехала к нему в Мюнхен, когда начались пасхальные каникулы. Отношения их продолжали оставаться прежними, хотя Софья Васильевна все больше ощущала в них натянутость и неестественность. Неудовлетворенная и расстроенная, Ковалевская уехала в Гейдельберг, а Владимир Онуфриевич остался в полном смятении чувств, кляня себя за нерешительность.
