Жители молили Бога о спасении и надеялись, что этим погром и кончится, но опричники вернулись и начали истреблять жителей.
Людей сжигали, рвали клещами, забивали кольями И топили в Волге, невзирая на то, мужчина это или женщина, старик или младенец. В помяннике Ивана записано тысяча четыреста девяносто убитых в Твери христиан. На самом деле убитых было много больше. Сам Царь собрал плененных в Полоцке поляков и немцев, содержащихся в тюрьмах. В его присутствии они были рассечены саблями на части и брошены в Волгу под лед.
Далее войско пошло на Торжок, где содержались пленные немцы и татары-заложники. Пока Иван наслаждался муками убиваемых на его глазах немцев, закованные в цепи татары стали отбиваться. Тяжело ранили Малюту Скуратова, убили двух опричников и даже бросились на Ивана, но были все перебиты.
Из Торжка Иван двинулся и уничтожил по дороге на Новгород Вышний Волочок, Валдай, Яжелбицы и все деревни вдоль дорог.
В Новгороде передовой полк взял город в кольцо, так что никто не мог убежать. Собрали всех духовных из всех окрестных монастырей и церквей и стали прилюдно пытать, требуя по двадцать рублей выкупа с каждого. Так продолжалось пять дней.
Дворяне и дети боярские, принадлежащие к опричнине, собрали в Детинец — крепость новгородскую — знатнейших жителей и торговцев, приказных и богатых ремесленников; всех заковали, отдали под стражу, а дома их опечатали.
6 января 1570 года царь с войском из полутора тысяч стрельцов вошел в город. На другой день было повелено перебить дубинами всех, кто был на правеже, духовных и тела развезти по монастырям.
Митрополиту Пимену, который свидетельствовал против Филиппа, велено было служить на другой день обедню в Святой Софии. Встречавшему Царя Пимену Иван, пылая злобой, сказал:
— Ты, злочестивец, в руке держишь не крест животворящий, а вместо креста оружие. Ты со своими злыми соумышленниками, жителями сего города, хочешь этим оружием уязвить наше царское сердце, вы хотите отчизну нашей царской державы Великий Новгород отдать иноплеменнику польскому королю Жиг-монту Августу, с этих пор ты уже не называешься пастырем и сопрестольником Святой Софии, а называешься ты волк, хищник, губитель, изменник нашему царскому венцу и багру досадитель!
В страхе служил архиепископ обедню. А после нее не успел сесть за стол в трапезной с Царем, как тот страшно закричал: «Государев ясак!» — то был условный знак, — опричники кинулись на Пимена, повязали его и принялись грабить сначала владычную казну, а затем весь Новгород. «Что посеешь, то и пожнешь!» — истинно глаголел праведный Филипп. И недолго пришлось ждать подтверждения слов его.
