Не меньшим гонениям подверглись протестантские священники. Протестантская церковь Германии раскололась на две части. Возникшая при фашизме церковь «немецких христиан» — это та часть протестантской церкви, которая целиком восприняла бандитскую идеологию фашизма и всецело перешла к нему на службу. Во главе «немецких христиан» власти поставили приятеля Гитлера — епископа Мюллера. «Исповедническую» церковь образовала та часть протестантского духовенства, которая, не отличаясь враждебностью к фашизму, не хотела все же допустить превращения церкви в придаток фашистской партии. К этой церкви примкнуло не менее 7 000 священников. Ее руководитель — пастор Нимеллер.
Фашисты сразу же решили покончить с исповеднической Церковью. Тысячи принадлежавших к ней протестантов были брошены в тюрьмы, сотни священников арестованы. 11 октября 1934 г. гитлеровский ставленник в протестантской церкви Иегер с помощью гестапо (тайной полиции, жандармерии) дал отставку руководителям протестантской церкви в Баварии за их нелады с Мюллером и арестовал баварского епископа Мейстера. В ответ на это начались массовые демонстрации населения против «немецких христиан». 21 октября 1934 г. сотни верующих с пением молитв пришли к дому арестованного Мейстера. Во дворе был отслужен молебен, на котором присутствовала огромная толпа. Так люди, выражали свой протест против фашистских гонений на свободу совести.
Баварский министр культов, напуганный ростом антифашистских настроений среди верующих масс, велел освободить епископа. 30 октября Гитлер принял у себя Мейстера и других видных священников исповеднической церкви. Желая успокоить народ, Гитлер заявил им, что отныне-де фашисты «больше не будут вмешиваться во внутрицерковные дела». Как и все другие обещания фашистов, это оказалось наглым обманом.
В конце февраля 1937 г. известный во всей Германии деятель исповеднической церкви Вайслер был найден мертвым в камере концентрационного лагеря «Заксенгаузен»: его замучили фашистские палачи. В том же году был арестован пастор Шнейдер из Дикеншейда (Рейнская область) без всяких обвинений. После двух месяцев ареста пришлось его освободить. Однако в ноябре 1937 г. он был вновь арестован и сослан в концлагерь «Бухенвальд». Дело это получило огласку, и суд был принужден прекратить его. И все-таки пастора не освободили. Он был замучен в лагере в июне 1939 г. В «Бухенвальд» был брошен и другой деятель исповеднической церкви — пастор Штейнбауэр.
