Июнь 1941 года — начальник Штаба по ликвидации немецких парашютных десантов и диверсионных групп; октябрь — начальник 2-го отдела. В январе 1942 года — начальник Четвертого управления НКВД — НКГБ СССР (партизанские и разведывательные операции в тылу врага). Одновременно в 1941–1942 годах был заместителем начальника Первого управления (внешняя разведка) НКГБ—НКВД. С февраля 1944 года начальник группы «С» при наркоме внутренних дел (разведка по атомной программе). В 1945 году участвовал в подготовке Крымской конференции глав ведущих держав антигитлеровской коалиции. С мая 1945 года — начальник (по совместительству) отдела «Ф» (работа на территории стран, освобожденных Красной Армией). В 1945 году возглавил (по совместительству) отделы «С» и «К». После образования в марте 1946 года МГБ СССР совмещал должность начальника Четвертого управления, отдела «С» и отдела «ДР» (спецслужба для ведения разведывательно-диверсионных операций в случае войны с западными державами). В сентябре 1950 года назначен начальником Бюро-1 МГБ СССР (на правах начальника управления) по диверсионной работе за границей. С марта 1953 года заместитель начальника, а потом начальник 9-го отдела (разведывательно-диверсионного) МВД СССР.
В августе 1945 года арестован как соучастник «дела Берия» и осужден на 15 лет тюремного заключения. Освобожден в августе 1968 года. Реабилитирован в 1991 году. Занимался литературным трудом, написал книги: «Специальные операции. Записки нежелательного свидетеля» (издана в США на английском языке), «Разведка и Кремль», «Спецоперации. 1930–1950 годы» и «Разные дни тайной войны и дипломатии. 1941 год».
Награжден орденом Ленина, тремя орденами Красного Знамени, орденом Суворова И степени, орденом Отечественной войны I степени, двумя орденами Красной Звезды.
К сожалению, свидетельства Д. Медведева и П. Судоплатова, как показывает пример с В. Бережковым, были приняты нашими исследователями и литераторами полностью на веру. И никто, насколько мне известно, до сих пор не задумывался над, мягко выражаясь, странностью и нелогичностью эпизода, который лег в основу сообщения «из ровенских лесов» в Центр. Если же немного пошевелить мозгами, то сразу бросится в глаза сверхъестественное везение, сопутствовавшее Кузнецову — Зиберту. Далеко от Берлина, где планируются крупные операции немецких спецслужб, в прифронтовой полосе он встречает ответственного сотрудника внешней разведки Главного управления имперской безопасности штурмбаннфюрера СС фон Ортеля, носителя сверхсекретных сведений гитлеровского рейха, который быстренько выбалтывает их малоизвестному армейскому обер-лейтенанту, хотя тот и был весьма приятным и щедрым собутыльником. Эта история словно списана со страниц незатейливого шпионского романа. Смею уверить, такое в жизни вряд ли встретишь.
