С августа 1941 года он заместитель начальника, а с октября того же года начальник 1-го отдела (разведка в Германии и на оккупированных ею территориях) НКВД СССР. В 1943–1944 годах выезжал в Иран и дважды в Афганистан для выполнения специальных заданий по ликвидации германской агентуры в этих странах, действуя под фамилией полковника Михайлова.
С октября 1945 по январь 1946 года — резидент объединенной резидентуры внешней разведки в Германии под прикрытием должности заместителя политического советника при главноначальствующем Советской военной администрации.
В мае 1946 года А. Коротков стал начальником управления 1Б (нелегальная разведка) и заместителем начальника Первого главного управления МГБ СССР. С мая 1947 года он — начальник 4-го управления (нелегальная разведка) Комитета информации при Совете Министров СССР, а с мая 1949 года одновременно член этого комитета. С сентября 1951 года — заместитель начальника Бюро № 1 МГБ СССР по разведке и диверсиям за границей, а в ноябре 1952 года становится заместителем начальника ПГУ МГБ СССР и начальником управления «С» (нелегальная разведка). С марта 1953 года — заместитель начальника, а с 28 мая того же года — и. о. начальника Второго главного управления (внешняя разведка) МВД СССР. С 17 июля 1953 года — начальник отдела нелегальной разведки ВГУ. В марте 1954 года А. Коротков становится и. о. начальника управления нелегальной разведки и врио заместителя начальника ПГУ, а с сентября 1955 года — начальником этого управления и заместителем начальника ПГУ.
В ноябре 1956 года был направлен в Венгрию в качестве заместителя начальника опергруппы КГБ И. Серова. Участвовал в специальных мероприятиях по подавлению восстания в этой стране, задержанию активных повстанцев и изъятию оружия у населения, а также в захвате и выводе в Румынию бывшего премьер-министра Венгрии Имре Надя.
С 23 марта 1957 года — уполномоченный КГБ по координации и связи с МГБ и МВД ГДР.
В середине июня 1961 года А. Коротков был вызван в Москву. 27 июня на теннисном корте московского комплекса «Динамо» во время игры скончался от разрыва аорты. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
Награжден орденом Ленина, шестью орденами Красного Знамени, орденом Отечественной войны I степени, двумя орденами Красной Звезды, государственными наградами ЧССР, Югославии, Польши и ГДР.
Хочу добавить кое-что от себя об Александре Михайловиче Короткове. Я многим обязан этому выдающемуся разведчику. В феврале 1944 года он сумел разглядеть что-то такое во мне, рядовом опере военной контрразведки «Смерш» («Смерть шпионам» — под таким названием это ведомство просуществовало с апреля 1943 по май 1946 года в составе Наркомата обороны, затем влилось в Министерство государственной безопасности), чего, замечу, я и сам не знал, — потенциального разведчика. И взял меня на службу в свой отдел. Поэтому я с полным правом могу считать себя его крестником.
