С апреля 1986 по май 1987 года в составе 263-й эскадрильи работала смена из Забайкалья (101-й разведполк из Борзи). Замену техники на новые самолеты руководство сочло излишней. Вновь группе пришлось принимать послужившие уже машины, оставшиеся от предыдущего состава. За год работы эскадрилья понесла наибольшие потери — к этому времени противник располагал достаточно сильной ПВО, включая современные «Стингеры», что отразилось на обстановке крайне неблагоприятным образом. Не обошлось и без аварий и поломок, неизбежных спутников интенсивной эксплуатации. К апрелю 1987 года, когда забайкальская группа завершила свою командировку, в эскадрилье недосчитывались семи самолетов. По этой причине во время работы взамен потерянных самолетов потребовалось в срочном порядке принимать с ремзавода несколько Су-17М3, ранее принадлежавших другим частям. Самолеты так и ушли «на войну» в октябре 1986 года, не имея ни номеров, ни звезд, и лишь через пару месяцев они приобрели уставной вид.
За период боевой работы забайкальского состава 263-й эскадрильи с 16 апреля 1986 года по 20 мая 1987 года было выполнено 4820 боевых вылетов. Согласно донесения, «обнаружено 1430 караванов с оружием и боеприпасами, 12 перевалочных баз моджахедов, 620 позиций ДШК и ЗГУ. В результате бомбо-штурмовых ударов уничтожено 117 опорных пунктов противника, 73 автомашины, 14 лагерей».
В мае 1987 года в Баграм прибыла очередная смена 263-й разведэскадрильи из Закавказья. Летчики и техники 313-го Краснознаменного Берлинского ордена Кутузова разведполка из Вазиани уже второй разработали в Афганистане — в 1981–82 гг. его эскадрилья уже побывала там на МиГ-21Р. Принятие повторной эстафеты диктовалось, помимо близости к месту командировки, хорошее подготовкой летчиков в близкой по климату и рельефу горной местности с дополнительным обучением по курсу истребительно-бомбардировочной авиации, с упором на боевое применение. Теперь они приняли дюжину видавших виды «сухих», переходивших от одной группы к другой и обновлявшихся лишь после потерь или ухода в ремонт по выработке ресурса и накопившихся дефектов.
Последняя смена разведчиков 263-й эскадрильи, прибывшая из ВВС ПрибВО в августе 1988 года, командиром которой был подполковник И. М. Гончаров, счастливо избежала потерь. При этом интенсивность боевой работы в последние месяцы войны резко возросла. За 5,5 месяцев командировки 24 летчика эскадрильи выполнили 4560 вылетов (для сравнения — год работы предыдущих групп приносил 4500–4900 вылетов), а у комэска на счету значились 495 боевых вылетов.
