Сразу же по прибытии в город Ушаков расставил всюду караулы, организовал патрульную службу, дав строгий наказ решительно пресекать всякие попытки к грабежам и насилиям. Узнав, что тюрьмы забиты сторонниками республиканского строя, которых ожидала тяжелая участь, он обратился к королевскому двору с просьбой помиловать несчастных. Как ни велика была ненависть короля и его правительства к «якобинцам», сидевшим в заточении, а все ж отказать русскому адмиралу они не могли. Казни были отменены, многие из приверженцев республики получили свободу.
Однако порядок в Неаполе был все же не главной целью эскадры. Ушаков видел свою задачу в том, чтобы усилить давление на противника с юга и тем самым содействовать успеху войск Суворова. Он сформировал из матросов и солдат морской пехоты отряд в количестве 800 человек во главе с полковником Скипора, поручив ему идти на Рим, находившийся в руках французов. Кстати, в этот отряд он включил и своего адъютанта лейтенанта Балабина, пожелавшего испытать себя в боевом деле.
До этого королевские войска вместе с австрийцами уже пытались овладеть Римом, но у них ничего не вышло: французы дали им такой отпор, что те ударились в паническое бегство. Теперь же с выступлением русского отряда положение изменилось. Неаполитанцы и австрийцы, взбодрившись, вновь вернулись к «вечному городу» и, пугая неприятельский гарнизон приходом русских, предложили ему уйти «подобру». Французы знали, как сражаются русские, и потому решили воспользоваться «добрым советом»: они отступили, разумеется, взяв с собой все свое оружие и снаряжение.
Когда русские вошли в Рим, там уже не было ни одного неприятельского солдата. Их встречали мирные жители. А какая это была встреча, Ушакову описал в своем письме лейтенант Балабин:
«Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот Св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска. „Виват Павло примо! Виват московито!“ — было провозглашено повсюду с рукоплесканиями. „Вот, — говорили жители, — вот те, кои бьют французов и коих они боятся! Вот наши избавители!..“»
Ушаков, однако, остался недоволен. Его возмутил поступок союзников, открывших путь для отступления неприятеля. Ведь, оставив Рим, французы могли присоединиться к своим войскам, сражавшимся против Суворова!
Ушаков направил союзникам гневные письма. «По всем общественным законам, — писал он, — никто не имеет права брать на себя освобождать общих неприятелей из мест блокированных, не производя противу их никаких военных действий и не взяв их пленными». Он еще и еще раз указывал, что союзным войскам никак не следовало выпускать французов из Рима, «тем паче со всяким оружием и со всеми награбленными ими вещами и богатствами».
