Реформа 1861 г. внесла большие изменения не только в хозяйственные отношения, в условия сельскохозяйственного производства, но и во взгляды на роль агрономической науки. Лишившись барщинного труда и оброка, российский помещик вновь возлагает надежды на науку, которая, в его глазах, должна возродить хозяйство в новых условиях. «Русское землевладельческое дворянство должно же понять, что ему необходимо запастись сельскохозяйственными знаниями, если оно не хочет идти навстречу верной гибели»,— писал Юстус Либих П. А. Ильенкову, профессору только что открытой Петровской земледельческой и лесной академии>{4}.
С открытием Петровской академии (1865), ставшей центром научной сельскохозяйственной мысли в стране, можно связать начало еще одного периода в развитии русской научной агрономии. Его характерные черты — появление оригинальных исследований, начало широкой самостоятельной разработки вопросов русского земледелия, усиление связей общего естествознания и чисто агрономических дисциплин. Этому способствовало развитие научной работы в области сельского хозяйства в высших школах. Еще в 1862 г. были открыты Ново-Александрийский институт сельского хозяйства и Рижское политехническое училище с сельскохозяйственным отделением. В университетах с 1863 г. велось преподавание агрономической химии. Это отражало установившийся под влиянием учения Либиха взгляд на агрономию как на приложение химии к земледелию. С 1883 г. были восстановлены кафедры агрономии. К началу 90-х годов ими руководили видные представители сельскохозяйственной науки: в Петербурге — первый в России доктор земледелия А. В. Советов, в Харькове — А. Е. Зайкевич, в Москве — А. Н. Сабанин, в Одессе — П. Ф. Бараков, в Киеве — С. М. Богданов, в Казани — В. И. Сорокин.
На развитие агрономической науки в России большое влияние оказали успехи в области общей биологии и физиологии растений. Выдающаяся роль принадлежала К. А. Тимирязеву, бывшему с 1870 по 1893 г. профессором Петровской академии. Его пропаганда учения Дарвина, а также исследования в области фотосинтеза, лекции и общественные выступления по важнейшим вопросам земледелия оказывали огромное влияние на направление агрономических исследований.
Последняя четверть XIX в. ознаменовалась крупнейшими успехами в развитии науки о почве, связанными с именем В. В. Докучаева, классическими исследованиями С. Н. Виноградского явлений нитрификации и усвоения атмосферного азота, широкими работами в области сельскохозяйственной метеорологии (А. И. Воейков, А. В. Клоссовский, П. И. Броунов).
