Наряду с широкой общественной деятельностью Стебут в 90-х годах выступал .в печати по отдельным вопросам земледелия и 1растениеводства, опубликовав ряд статей— о сортах ржи, об агротехнике овса, о способах посадки картофеля, о табаке, о конских бобах, о применении фосфатов на черноземных .почвах и др.
В 1891 г. при московском Политехническом музее образовалась агрономическая комиссия. Ее фактическим руководителем стал Стебут. Уже в 1893 г. он выпустил «Сборник систематических чтений по сельскому хозяйству», организованных им в музее. В основном это были лекции по вопросам обработки почвы и возделывания хлебных злаков.
Неурожай 1891 г. побудил царское правительство обратить внимание на состояние сельского хозяйства. В 1894 г. министерство государственных имуществ было преобразовано в министерство земледелия и государственных имуществ. Во главе его встал А. С. Ермолов — просвещенный чиновник, ученик Энгельгардта по Петербургскому земледельческому институту, один из первых исследователей фосфоритного вопроса, автор книги «Организация полевого хозяйства» и четырехтомного труда «Народная сельскохозяйственная мудрость». На должность директора департамента земледелия был приглашен П. А. Костычев, а к работе специальных бюро и ученого комитета привлечены крупные ученые деятели — И. П. Бородин, П. С. Коссович, Л. И. Броунов, И. А. Лорчинский и в дальнейшем В. Л. Комаров, В. Н. Сукачев, М. Е. Ткаченко, Е. Ф. Лискун, В. В. Пашкевич, Г. И. Танфильев и др. В 1889 г. ученый комитет министерства возглавил Стебут, .в дальнейшем избранный его почетным членом.
Находясь на этом посту, Стебут главное внимание уделял вопросам сельскохозяйственного образования, а также организации и деятельности сельскохозяйственных опытных учреждений. Именно при Стебуте было утверждено Положение о сельскохозяйственных опытных учреждениях и начался период усиленной их организации. Особенно большую роль при этом сыграли первые съезды по опытному делу (1901—1902 гг.). На одном из них Стебут выступил с большой программной речью. Эти съезды, проходившие под председательством Стебута, 'положили начало планомерной организации сети опытных учреждений, улучшению их деятельности и разработке методики опытной работы.
Активно участвует Стебут и в общественной жизни страны. На Всероссийском съезде сельских хозяев 1895 г. он руководит секцией по доходности сельскохозяйственных предприятий и выступает с докладами по сельскохозяйственному образованию, а еще ранее, в 1891 г., участвует в работах съезда деятелей агрономической помощи сельскому хозяйству. Велика была роль Стебута в организации агрономической секции на съездах русских естествоиспытателей и врачей; имевших большое значение в русской научной жизни. Работами этой секции он руководил на VIII съезде (1889 г.) в Петербурге, на X съезде (1898 г.) в Киеве и на XI съезде (1901 г.) в Петербурге.
