Осенью 1872 г. в Киеве состоялся 3-й Съезд русских сельских хозяев. Стебут на нем не присутствовал. Однако он приготовил для его участников доклад: «План сельскохозяйственной школы», напечатанный позднее в журнале «Вестник Европы». «Во всех статьях относительно сельскохозяйственного образования,— подчеркивал Стебут,— я проводил, как идеал, отделение специальной сельскохозяйственной школы от общеобразовательной так, чтобы учащиеся прежде поступления в специальную школу того или другого разряда проходили соответствующее общеобразовательное заведение и даже приносили с собой знание основных предметов. Затем развитие в специальном того, что я называю (заимствую из. медицинской школы) классическим преподаванием, и усиление для этого числа специалистов преподавателей; необходимость существования в числе учебных пособий хозяйства, организованного на коммерческом основании. Вот существенное из моего взгляда на дело организации сельскохозяйственной школы».
В это время началась подготовка к преобразованию Петровской академии. Ее первый устав отличался рядом особенностей. Академия являлась открытым учебным заведением: к слушанию лекций допускались лица разных сословий, ни вступительных, ни переводных экзаменов не было. Слушатели могли оставаться в Академии неопределенное время и могли слушать любые предметы. Об этом уставе К. А. Тимирязев писал, что он опередил свое время. Однако неожиданный для устроителей Академии демократический состав слушателей, участие их в политическом движении, а кроме того, недостатки самого устава, в частности, краткость курса, малочисленность лиц, проходивших в Академий полный курс, и т. п. вызвали нарекания на Академию. Это подготовило и изменение ее устава. В 1872 г. Стебута пригласили в петербургскую комиссию по пересмотру устава. Позднее он вспоминал: «Несмотря на то, что министр Валуев уверял, что он вполне согласен с моими взглядами, тем не менее из высказанного мною в комиссии ничего не попало в новый устав Академии 1873 г.». Новый устав 1873 г. приблизил Академию к высшим учебным заведениям обычного типа.
В начале 80-х годов снова обсуждался вопрос о постановке учебного дела в Академии. Ее преподавателям было предложено представить заключения о «причинах малоуспешной деятельности Академии и о средствах улучшения ее работы». Свои предложения дал и Стебут. В 1883 г. он вошел в состав новой Комиссии для обсуждения будущего строя Петровской академии
