Рядом событий в сельскохозяйственной жизни России ознаменовались 90-е годы. Помещичий класс вновь обманулся в своих ожиданиях получить от науки быстрое приращение доходов. Агрономия и ее передовые деятели стали подвергаться нападкам за теоретичность, оторванность от практики. Это совпало с нарастанием политического движения среди студенчества, что в конце концов привело к закрытию царским правительством Петровской академии (1890) и Ново-Александрийского института (1892 г.). Однако сильные неурожаи начала 90-х годов вновь заставили обратить внимание на положение сельского хозяйства. В 1894 г. учреждается Министерство земледелия и государственных имуществ. Во главе его становится А. С. Ермолов, директором департамента земледелия назначается П. А. Костычев, а председателем ученого комитета — И. А. Стебут. Они способствуют восстановлению закрытых учебных заведений (Петровской академии — под названием Московского сельскохозяйственного института) и проводят ряд мероприятий, укрепивших позиции научных агрономических учреждений. Эти мероприятия относятся к последним годам прошлого века и открывают новый, предреволюционный период в развитии русской научной агрономий. Его особенностью стало широкое развитие опытных исследований как в местных опытных учреждениях, так и в стенах высшей школы.
В начале XX в. усилилась земская агрономическая помощь крестьянскому хозяйству. Ее идеологом явился профессор Московского сельскохозяйственного института А. Ф. Фортунатов (1856—1925). Хотя первые земские агрономы появились в Пермской губернии еще в 1879 г., но сеть местной «участковой» агрономической организации начала усиленно развиваться лишь после 1905 г. В 1913 г. она насчитывала в Европейской России уже 1662 агрономических участка.
Рост агрономической организации вызвал и расширение сети высших, средних и низших сельскохозяйственных школ. В этой области немало потрудился И. А. Стебут, в частности, положивший начало женскому сельскохозяйственному образованию в России. К 1904 г. относится организация Стебутовских женских сельскохозяйственных курсов в Петербурге, к 1908 г.— Голицынских женских сельскохозяйственных курсов в Москве. В 1912 г. открывается сельскохозяйственный институт в Воронеже. В те же годы начинают работать сельскохозяйственные институты в Саратове и Харькове (куда в связи с войной в 1914 г. был переведен Ново-Александрийский институт). Заметно увеличился и выпуск агрономов из стен Московского института. Все это создавало благоприятные условия для появления в опытных учреждениях, которые становились крупными центрами агрономических исследований, хорошо подготовленных научных кадров.
