Последствия прибытия частей Люфтваффе могли оказаться решающими. Англичане еще сумели провести к цели несколько конвоев, но при этом понесли тяжелые потери в военных кораблях. Британские авианосцы имели важнейшее значение для хода всей войны на море, а ведь их было очень немного. Хотя «Илластриес» сумел укрыться в гавани Ла-Валетты, система ПВО Мальты, пока еще находившаяся в зачаточном состоянии, никак не могла гарантировать его безопасности. Новые атаки немцев вполне могли стать роковыми для авианосца. Англичане были вынуждены признать, что авианосец стал становым хребтом флота, оттеснив линкор, — и сделали соответствующие выводы. Авианосцы больше не рисковали показываться в центральном бассейне Средиземного моря. Теперь задача нанесения ударов по конвоям, везущим снабжение для германских и итальянских войск в Африке, была полностью возложена на Мальту. Но, хотя этот «авианосец» и был непотопляемым, он оказался плохо подготовлен для решения данной задачи.
Немцы полностью осознавали необходимость нейтрализации Мальты. Но лишь самые дальновидные из них, в том числе и Роммель, понимали, что эту угрозу следует уничтожить окончательно. Выполнение задачи было поручено X авиакорпусу. Однако он начал массированные атаки лишь через 6 дней после прибытия «Илластриеса» в Гранд Харбор. Эта передышка позволила англичанам подремонтировать авианосец. Первая массированная атака германской авиации против верфи была проведена 16 января. Авианосец получил попадание одной бомбы, но повреждения оказались невелики. 18 января вражеская авиация занялась мальтийскими аэродромами и укреплениями. Авианосец был уже почти готов к выходу в море, когда новый налет на верфь вызвал дополнительные повреждения подводной части корабля. И все-таки, несмотря на все усилия врага, вечером 23 января «Илластриес» медленно проскользнул мимо брекватера и вышел в море. Самолеты противника этого не заметили. Вскоре корабль сумел дать уже 20 узлов. Так началось его долгое и трудное путешествие на верфь Норфолка (штат Вирджиния), где он прошел капитальный ремонт.
Хотя «Илластриес» сумел избежать самого худшего, теперь Мальта подвергалась регулярным массированным атакам Ju-87 и Ме-110, которые проводили бомбометание с пикирования и обстрелы с бреющего полета. Ju-88, He-111 и итальянские «Савойи» бомбили остров с горизонтального полета. На Мальте оставалось слишком мало истребителей, чтобы отразить эти атаки. Не более 6 «Харрикейнов» могли подняться в воздух — это было все, что осталось от современных истребителей. Кроме них имелись 3 тихоходных «Фулмара», оставленные «Илластриесом», и 1 древний «Гладиатор». Но эти самолеты и зенитки сумели сбить 16 самолетов противника, хотя и не смогли отбить атаку. Весь январь, февраль и март налеты повторялись со зловещей регулярностью.
