Флотилия вела бои с 20 октября 1943 года, с 6 апреля 1944 года оперативно подчинялась командующему 1-м Белорусским фронтом, маршалу Советского Союза К. К. Рокоссовскому. Главные базы с ноября 1943 года— Чернигов и Киев, с июля 1944 года — Пинск.
Войска 1-го Прибалтийского, 3-го и 2-го Белорусских фронтов 23 июня 1944 года начинали одну из крупнейших стратегических наступательных операций Великой Отечественной войны — «Багратион». На притоках Днепра стояли корабли ДВФ: на Припяти — 1-я бригада капитана 2 ранга С.М. Лялько, на Березине — 2-я бригада капитана 2 ранга В.М. Митина.
Моряки взяли Бобруйск, Петриков, Туров, Лунинец, Пинск, командующий 1-м Белорусским фронтом объявил им благодарность «за дерзкую операцию по высадке десанта в центр занятого врагом Пинска». Приказом Верховного Главнокомандующего от 23 июля 1944 года бригадам речных кораблей присвоено почетное наименование 1 — я «Бобруйская», 2-я «Лунинецкая», 1 — й отдельный гв. дбк — «Пинский», 2-й отдельный гв. дбк — «Бобруйский». Все эти подразделения Указом Президиума Верховного Совета СССР награждены орденами Красного Знамени.
Кампанию 1944 года ДВФ закончили в Польше. Доставленные по железной дороге из Пинска корабли выгрузили в Треблинке. К линии фронта — устью реки Нарев — БКА спускались по Западному Бугу. Из-за резкого снижения уровня воды корабли не могли преодолеть многие перекаты. Пришлось снять боеприпасы и топливо. Матросы крутили на берегу самодельный деревянный ворот, и корабль медленно, со скрипом, увязая в речном иле, полз вперед.
Применяли и тракторы, иногда в «парной упряжке» — в районе местечка Брок: под слоем песка лежал каменный массив со множеством опасных выступов. Чтобы не пропороть днище корабля, впереди, в студеной воде, шла его команда, ощупывая ногами грунт. Работая день и ночь, моряки, пройдя мелководье, взяли город Сероцк, штурмовали крепости Зегже и Дембе.
На реках Днепр, Березина, Припять, Западный Буг, Висла, Одер, Шпрее БКА содействовали наступавшим войскам на Украине, в Белоруссии, Польше, форсировали водные преграды, перевозили грузы и высаживали десанты. В апреле-мае 1945 года, под Берлином, штурмуя Кюстринский плацдарм, БКА прорвались в тыл врага на десятки километров, высадили десант у Хохензаатена.
Днепровцы доблестно пронесли Военно-морской флаг к центру Германии. Впервые в истории военные корабли России появились на Шпрее.
