Э.Э. Паммель спроектировал гребной винт с утолщенными кромками лопастей. Наибольшая скорость с упроченными винтами снизилась всего на 0,5 уз. Кроме того, он предложил проект профилированного устройства, установленного так, чтобы гребные винты работали в полунасадках. Это улучшало тяговые качества и служило дополнительной их защитой. Но из-за технологических трудностей военного времени полунасадка не пошла в серию, ее установили лишь на одном БКА.
Для защиты системы охлаждения Ф.Д. Качаев предложил установить в машинном отделении ледовый ящик — цилиндр, высота которого превышала осадку катера. Внутри ставилась решетчатая перегородка, которая задерживала лед, поступающий вместе с забортной водой. Скопившийся мелкий лед или шугу удаляли, не покидая машинного отделения. Это простое устройство, как показала осенне-зимняя навигация 1942–1943 годов, оказалось очень надежным.
Для улучшения бытовых условий в 1944 году Ю.Ю. Бенуа предложил устанавливать специально разработанные котлы-плиты, служившие и для отопления, и для приготовления пищи (вместо неудобных примусных плит). Они работали как на жидком, так и на твердом топливе и заслужили полное одобрение личного состава.
Произвели переделки и в рулевой системе. Рули, несмотря на защиту в тоннелях, часто повреждались, а снятие руля и его ремонт в условиях фронтовых баз, не имеющих специального оборудования, были очень сложными. В итоге конструкцию значительно упростили.
Для увеличения наибольшей скорости катеров К.К. Федяевский предложил применить «воздушную смазку». Подаваемый под корпус катера сжатый воздух должен был растекаться по днищу и, изменяя характер его обтекания потоком, уменьшать сопротивление трения. По расчетам скорость могла повыситься на 2–3 уз. В начале 1944 года разработали рабочие чертежи, и к навигации на Волге один из БКА проекта 1124 подготовили к эксперименту. В обшивке днища в плоскости одного из носовых шпангоутов прорезали щели. Над ними внутри корпуса приварили водонепроницаемые короба, к которым по трубам подавался сжатый воздух от нагнетателя. Но испытания показали, что при подаче воздуха скорость снизилась. Поскольку главные двигатели пошли «вразнос», можно предположить, что воздух попадал в тоннели, гребные винты, работая в смеси воды с воздухом, становились «легкими». Устранить попадание воздуха к винтам не удалось, и систему демонтировали.
На некоторых БКА монтировали на корме вместо орудийных башен реактивные установки М-8-М или М-13-М, изготовленные на базе знаменитых реактивных минометов БМ-8 и БМ-13; по приказу наркома ВМФ от 29 ноября 1942 года их приняли как штатное вооружение. В том году в состав ВВФ вошли всего пять таких БКА; это был один из первых случаев применения реактивных минометов в советском флоте.
